5、自然基质保藏法（1）麦粒保藏法：取无瘪粒、无杂质的小麦淘洗干净，浸泡12—15小时，加水煮沸15分钟，继续热浸15分钟，使麦粒胀而不破，沥干水分摊开晾晒，使麦料的含水量在25%左右。将碳酸钙、石膏拌入熟麦粒中（麦粒、碳酸钙、石膏比例为10公斤：133克：33克），拌和均匀后装入试管中，每管约2—3克，然后清洗试管，塞棉塞，灭菌1.5（1.5公斤/平方厘米，2小时），经无菌检查合格后备用，试管基质冷却后接种，适温培养，持菌比长满基质后用石蜡涂封棉塞，放低温保藏。2年左右转接一次。（2）麸曲保藏法。取新鲜麸皮，过60目筛除去粗粒。将麸皮和自来水按1：1拌匀，装入小试管，每管约装1/3高度，加棉塞用纸包扎，高压灭菌（1.5公斤/平方厘米，30分钟），经无菌检查合格后备用，将生长在斜面培养基上的健壮菌种，移种至无菌麸曲管中，移川时注意尽管捣匀小试管中的麸皮，呈疏松状态，在适温下培养至菌丝长满麸皮为止，将麸曲小管置干燥器中，在低温或适温下保藏。6、生理盐水保藏法。取纯氯化钠0.7—0.9克，放入100%毫升蒸馏水中，搅拌均匀分装试管，每管5—10毫升，进行灭菌（1公斤/平方厘米，30分钟），经无菌检查合格后备用，将待保藏的菌种接入马铃薯葡萄糖液体培养中适温振荡培养5—7天。无菌操作吸取少许培养菌种注入经检验合格的生理盐水试管中，塞上无菌橡皮塞，用石蜡涂封，在室温或低温保藏。7、冷冻真空干燥法。将已培养、生长丰富的菌体或孢子悬浮于灭菌的血清、卵白、脱脂奶制成菌悬液，将悬液以无菌操作分装于灭菌的玻璃安瓿瓶中，每管约0.3—0.5毫升，然后用耐压像皮管与冷冻干燥装置连接，安瓿瓶放在冷冻槽中于-30℃至-40℃迅速冷冻，并在冷冻状态下抽空干燥，并在真空状态下溶封安瓿，在-20℃保存，一般可保存十年以上，但成本较高。8、液氮超低温保藏法。首先将要保藏的菌种制成菌悬液备用；其次，准备安瓿瓶，每瓶加入0.8毫升冷冻保护剂10%（体积比）甘油蒸镏水溶液，塞棉塞灭菌（1公斤/平方厘米，5分钟）。无菌检查后，接入要保藏的菌种，火焰溶封瓶口，检查是否漏气，将封好口的安瓿瓶放在冻结器内，以每分钟下降1℃的速度缓慢降温，使保藏品逐步均匀地冻结，直至-35℃，以后冻洁速度就不需控制，安瓿冻结后立即放入液氮罐内，在-150至-196℃保藏，该法只有少数科研院所使用。
