大球盖菇抗性强，易栽培。但在栽培过程中也会出现杂菌与虫害。杂菌有鬼伞、盘菌、裸盖菇等竞争性杂菌，其中以鬼伞较多见。常见的害虫有螨类、跳虫，菇蚊、蚂蚁、蛞蝓等。现将主要防治措施分述如下：1.鬼伞等常在菌丝生长不良的菌床上或使用质量差的稻草作培养料栽培时发生。防治方法：①稻草要求新鲜干燥，栽培前将稻草在烈日下曝晒2～3天，以杀灭鬼伞及其它杂菌孢子。②掌握好培养料的含水量，使其保持在70%～75%，以利于菌丝的生长。⑧若在菌床上发现鬼伞等杂菌的子实体时，立即拔除。2.常见虫害的防治措施。①选好场地，严禁在白蚁多的地方进行栽培，场地避免多年连作，以免造成害虫滋生。②诱杀。菌床周围放蘸有0.5%的敌敌畏液的棉球以驱赶螨类、跳虫和菇蚊等害虫。在菌床上放蘸有糖液的报纸、废布，或新鲜烤香的猪骨头或油饼粉等诱杀螨类。用1份蜂蜜、10份水和2份90%的敌百虫混合诱杀跳虫。⑧及时撒药杀灭蚂蚁。用红蚁净药粉撒在有蚁路的地方，能使红蚁整巢死亡；用白蚁粉1～3g喷入蚁巢，约经5～7天即可杀死白蚁。④蛞蝓。可进行人工捕杀，或在场地四周喷10%的食盐水来驱赶。⑤若在栽培场地发现老鼠，可采用断粮或者诱杀的方法，也可人工捕杀。
