培养料堆制 以棉籽壳为主原料栽培草菇，必须选择无霉变、无病虫害、未经雨淋的新鲜棉籽壳，在使用前晒2~3天。拌料时少量添加人畜粪、尿素等含氮量高的辅料，堆制过程中必须充分发酵腐熟，以杀灭培养料中的害虫和杂菌。
提高培养料pH值 草菇喜偏碱性环境，pH值以7~8较为合适。栽培时可通过添加石灰来调节pH值，添加量一般为干料重的5%左右，使pH值达到10~12，这样到子实体形成时，pH值正好降至适合草菇生长的范围。
杂菌防治 常见的杂菌有鬼伞和霉菌，其中霉菌包括木霉、青霉、毛霉、曲霉等。预防措施：选择新鲜原料，控制培养料的含氮量和含水量，发酵要充分腐熟，选择活性强、无污染的菌种。栽培过程中如出现杂菌危害，先清除污染源，然后在污染处泼洒5%石灰水。
害虫防治 草菇栽培中通常螨类、菇蝇、菇蚊等害虫的危害较重。应以预防为主，主要是栽培前做好场地消毒，用敌敌畏喷料堆后盖塑料薄膜闷堆。如播种后发现有螨虫危害，可在出菇前喷炔螨特杀螨。
