黑斑病：这是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径达2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。
防治方法：最重要的是控制好适宜的温度和湿度。对菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，特别不可用冷水喷洒。菇房内的湿度不可长时间高于90％，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后先加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调至17℃以下。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒每毫升100～200单位的农用链霉素或漂白粉600倍液。
锈斑病：该病由假单孢菌引起，主要浸染金针菇菌盖，初期为针头状，后扩大成芝麻粒大小，边缘虽不整齐，但病斑之间可互相联合成不规则的大锈斑。
防治方法：为预防锈斑病的发生，对菇房洒水时不要直接洒向子实体，洒水后要及时通风，室内空气相对湿度不要长时间超过95％，菌袋表面覆盖地膜时要待子实体水分晾干后。发病初期，应防止病菌向健康子实体蔓延，并用50％的多菌灵800倍液或每毫升含100～200单位的农用链霉素喷洒。
