杂菌与食用菌的关系相当于杂草与绿色作物的关系，它们并不像病原菌那样直接侵害食用菌，而是通过在培养基质上的生长，与食用菌争夺养分，同时形成毒素，抑制食用菌生长。危害食用菌的杂菌主要是霉菌类和少数的高等真菌、细菌及黏菌。
1.熟料栽培的杂菌控制。熟料栽培的杂菌污染源主要有培养料带菌（灭菌不彻底）、菌种带菌、接种工具带菌（灭菌不彻底）、接种操作外界杂菌侵入和培养期间的外界杂菌侵入等。据此，防治要点应在于：①选用洁净新鲜无霉变的原料，并彻底灭菌。这是预防杂菌污染的第一道防线。②认真挑选菌种，杜绝菌种带杂菌。③科学配料，控制水分和pH值，创造不利于杂菌侵染的基质条件。经验表明，料中麦麸多或加入糖后，霉菌污染率较高。当用豆粉或饼肥粉代替部分麦麸，并无糖时，霉菌污染率可明显降低。含水量偏高时，霉菌污染发生多，含水量偏低时，霉菌污染发生少。④严格接种，严把操作关。⑤创造适宜的培养条件，特别要注意场所洁净、干燥，以减少外界杂菌的侵染。
2.生料和发酵料栽培的杂菌控制。生料和发酵料中自然存在着多种微生物。食用菌培养期间，污染能否发生主要取决于料的微生物区系中各种微生物之间的平衡状态，这种平衡一旦被打破，污染就会发生。通常采取以下措施预防污染。①提高培养料的pH值，在不明显影响食用菌菌丝生长的前提下，抑制霉菌的生长。②适当偏干，增加透气性，促进食用菌菌丝生长，抑制霉菌生长。③加大接种量，占取料中微生物种群优势。④料中适量加入多菌灵等杀真菌剂，抑制霉菌生长。⑤创造利于食用菌生长的环境条件，如温度、通风，促进食用菌生长来抑制杂菌的繁殖。⑥科学合理发酵，制作只利于食用菌生长而不利于杂菌生长的选择性基质，包括适于食用菌生长的理化性状和微生物区系。
3.出菇期的杂菌控制。一般而言，出菇期不容易出现初次的杂菌侵染，除非环境条件过于不适，如高温高湿或过度不洁。预防出菇期杂菌污染的有效途径，一是防高温高湿，保证通风充分，二是及时清理床面，清洁菇房，保持卫生状态良好。
