防止菌种退化，可以提高产量，减轻病虫害的发生、发展，减少农药用量，是生产有机双孢菇的基础。1.培养菌种的环境温度不能超过28度，培养好的菌种在常温下存放时间不宜超过半个月。2.切实掌握好培养基出菌的时间和温度，防止破坏营养成分，酸碱度要适宜。3.要经常更换培养基，如麦秸或稻草、鸡粪、棉籽壳、麦麸等培养基原料要相互交替使用。4.原种不要一次用完，分次取用，余下的低温保存，防止传代过多。5.每年应选择个体大、生长正常、健壮无病虫的子实体进行一次组织分离，从中选优去劣，扩大接种生长。
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