成熟的耳片要及时采摘。子实体成熟的标准是颜色由深转浅，耳片舒展变软，肉质肥厚，耳根收缩，子实体腹面产生白色孢子粉。段木栽培从耳芽发生到成熟大约需6—7天，袋栽一般两个星期。但栽培袋所处的位置不一致，成熟时间也不一致，故需分批采收。
室外栽培的最好在雨过天晴或晴天的早晨采摘为宜，如遇雨天成熟的应突击采收，尽量避免损失。阴天不下雨时可以整天采收。室内栽培则不受天气限制。
采摘时用手抓住整朵木耳轻轻拉下，或用小刀沿壁削下，切忌留下耳根，以免腐烂发霉，发生烂根流耳，孽生杂菌，影响下一批出耳。总的要求是：勤摘、细拣、不使流耳。段木栽培春耳和秋耳要拣大留小，伏耳则要大小一起采。
采收下来的木耳，用清水洗净泥沙杂质，然后在烈日下晒干，若遇阴雨则应及时烘干。烘晒时应单层摊放，互不重叠以免粘连。未干之前不宜翻动，以免耳片卷成拳耳，影响产口质量。黑木耳的干品，应密封在无毒的塑料袋内，以防吸潮变质。凡装过农药、化肥、化学药品及其它有害物质的包装袋，不能用于包装黑木耳。
