在草菇栽培中，害虫的危害经常比杂菌的危害更大，且更难防治。防治效果的好坏直接影草菇产量的高低，危害严重是时，会导致绝收。
一、菇螨
菇螨也称菌虱、菌蜘蛛、螨虫，为害多种食用菌。螨类取食菌丝，使菌丝萎缩，甚至消失，造成栽培失败。常见的螨类有蒲螨、粉螨。由于菇螨虫体小，肉眼不易看清，集中成团时呈粉状。培养料、老菇房、菌种等是螨类的重要传染源。
防治方法：以预防为主，菇房尽可能远离仓库、饲料间、禽畜舍等，栽培原料在进行二次发酵，危害严重时，菇房在重新铺料前要用敌敌畏、杀螨醇等杀螨剂500倍液喷雾或熏蒸24小时，一旦发现体小呈扁平或椭圆形、白色或黄色、长有多根刚毛的菇螨时，要立即选用以下方法将其杀死。
1、熏蒸杀螨。将棉球蘸是敌敌畏，放在床架底料面上，然后用塑料布覆盖床面，使用药物挥发熏蒸面毒死螨虫。
2、喷药杀螨。用50%的氧化乐果1000倍液、菊乐合酯1500倍液或克螨特500倍液喷雾杀螨。用洗衣粉400倍液连续喷雾2-3次，也有很好的杀螨效果。
3、菜籽饼诱杀。在菇螨为害的料面上铺若干块湿布，把刚炒香的菜籽饼撒在湿布上，待螨虫聚集到湿布的菜籽饼粉上时，将湿布取下置开水中片刻即可杀死螨虫。
4、糖醋药液诱杀。取1份醋酸、1份清水、0.1份白糖，混匀后滴入1-2滴敌敌畏，即配成糖醋药液，用纱布条或棉花浸湿液放在料面上，待螨虫群集其上时，取下烫死害虫。重复以上操作，直到无螨虫为止。
5、鲜骨诱杀将新鲜猪骨放在菇螨出没为害虫的床面上，相间排放。待螨虫群集其上时，将骨头置开水中片刻即可杀螨虫。反复进行几次，直到床面上无螨为止。
二、菇蝇
在菇场四周设排水沟，排除积水，并定期用0.5%敌敌畏喷杀；培养料进行二次发酵，杀死料内幼虫和卵；用黑光灯诱杀。
三、菌蚊
保持菇房干净，栽培场所应远离垃圾堆及腐烂物质，收获后的旧料应及早清除，严重时，出菇前或采菇后喷晶体敌百虫1000倍液进行防治。
四、线虫
培养料含水量严格控制在70%左右；进行二次发酵；栽培前，认真打扫卫生，通风干燥后，在墙面、地面、床架上喷晶体敌百虫1000倍液。
