黑斑病是一种由假单孢菌引起的细菌性病害。发病后，金针菇菌盖出现椭圆形褐色或深褐色斑点，初为针尖状，扩大后直径为2～4毫米，边缘整齐，有时菌盖开裂。防治方法：控制好温度和湿度。给菇房洒水时，不可将水直接洒在金针菇子实体上，禁止用冷水喷洒。菇房内的湿度不宜长时间超过90%，要看天气变化洒水，晴天洒水要轻、勤、细，阴雨天要少洒或不洒水。每次洒水后应加强通风，然后覆盖地膜。出菇期间室内气温应调为17℃左右。发病后要及时将病菇摘除，并喷洒100～200国际单位的农用链霉素或漂白粉600倍液进行防治。
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