1.褐腐病。又称水泡病、湿泡病。主要为害蘑菇、草菇、平菇等。该病由疣孢霉的病菌引起。
主要特点：疣孢霉的分生孢子和厚垣孢子只感染子实体，不感染菌丝体。子实体受到轻度感染时，菌柄肿大成泡状畸形，故叫湿泡病。但在子实体发育阶段不同，病症也不同。子实体未分化时被感染，则有一种如硬皮马勃状的不规则组织块，上面覆盖白色绒毛状的菌丝，并逐渐变成暗褐色，常渗出暗黑色汁滴。菌盖和菌柄分化后感染，菌柄变成褐色，感染在菌褶上则有2种白色的菌丝生长物。
传播途径：疣孢霉是普通的土壤真菌，菇房周围的土壤和废弃物是它的病源。疣孢霉病菌主要通过覆土、空气、操作人员、工具及昆虫、老鼠等携带传染给菌床及菌块。
防治措施：如果覆土被疣孢菌污染，可采用巴斯德灭菌法（60℃）处理1小时，或用4%甲醛消毒覆土，还可在覆土中喷1∶500的多菌灵药液或托布津药液灭菌。开始发病时，立即停止喷水，加大菇房通风量，往培养架上、墙壁上、地面上喷洒1%～2%甲醛溶液或1∶500多菌灵药液灭菌。发病严重时，除掉覆土，更换新土，销毁病菇，所有的工具都应浸在浓度为4%的甲醛溶液中消毒。
2.枯萎病。又称死枯病，是生理性病害。主要为害蘑菇、平菇、凤尾菇、灵菇、滑子蘑等。
主要特点：菇蕾形成后，大小不等的子实体都可以发生此病。发病后停止生长，变黄、萎缩、变软、变干，最后枯死或腐烂。
病因：发生此病是生理上受阻的结果。主要原因是原基形成后培养料过干，使菇蕾枯萎；或者是出菇过密，营养供应不上，使部分小菇死亡；或者是菇房温度过高，湿度过大，通风情况不好，空气中二氧化碳含量过多所造成；还有采菇时不慎碰伤了小菇蕾，均会发生此病。
防治措施：子实体出现枯萎时，首先要弄清发病原因，采取相应措施。切忌在出菇后的菇房内喷药，否则容易产生药害。特别是平菇和凤尾菇，在出菇期间绝对不可以喷洒敌敌畏。
3.畸形菇病。生理性病害。食用菌在形成子实体期间，遇到不良环境，子实体便会产生各种畸形。
主要特点：菌盖小而薄、柄细长、早开伞。这种现象平菇和凤尾菇多发生在头茬菇之后，而香菇则发生在头茬。主要病因是高温、光线不足、营养缺乏等。
长柄菇主要发生在侧耳属的子实体形成期间，子实体呈珊瑚状或菌盖极小，而菌柄根部粗大。主要原因是光线不足、通气不佳、二氧化碳含量过高。子实体倒斜现象的发生，一般都是朝有光的一面倾斜，其原因是子实体在生长过程中的趋光性，当菇房中的光线不均匀就会造成此病。在不同的生长过程中经常出现的菌丝萎缩，有时甚至死亡的现象，主要是菌种不健壮，接到新的培养料上不吃料；或者培养料含水量过干或过湿；或者料内温度过高，造成烧菌；或者培养料内通气不好以及酸碱度不适宜等。
防治措施：每一道程序、每一个工艺都必须科学、严格按要求进行。
4.猝倒病。属于真菌性病害。主要是由镰包霉菌和菜豆镰霉菌引起。主要病症是子实体被侵染后，菌柄髓部萎缩变成褐色，菇体变得矮小。此病发生在早期，与健康菇在外形上相似，不易察觉，只是菌盖变暗，菇体不再生长，最后变成僵菇。
传染途径：因为镰包霉菌可在土壤中长期存活，所以通过土壤传染是主要传染途径。通过空气和一些使用器具也可以传染。
防治方法：对覆土进行灭菌是防治此病的主要方法。一般用1∶500的多菌灵或托布津药液喷洒消毒。
