1、主要害虫：危害黑木耳的害虫主要有蓟马、蛞蝓、线虫，白蚁、伪步行虫、瘿蚊等，除白蚁主要为害耳木啃食菌丝外，其余大部分害虫主要啃食耳片，同时被害残破的耳片遇阴雨时，耳片胶质分解流化更易引起细菌、霉菌的侵染使流耳更严重。白蚁在危害严重时找出蚁道并喷入白蚁粉防治，其它大部分害虫可在幼虫大量危害时喷药杀灭。1000倍的敌敌畏、乐果可杀灭蓟马、伪步行虫、线虫、瘿蚊等；蛞蝓可用400倍五氯酚钠液喷洒地面；伪步行虫（鱼儿虫）还能啃食干耳片，所以贮存木耳最后要曝晒或烘烤后入库。同时还要注意清除耳场枯枝叶及腐木等，减少虫害来源。
2、主要杂菌：危害黑木耳的主要杂菌有碳团菌、韧革菌、裂褶菌、云芝、朱红栓菌、木霉等，这些杂菌主要危害耳木，生活力很强，造成耳木粉状腐朽或黑色铁心（如碳团菌），抑制了黑木耳菌丝的生长，造成木耳减产。主要防治方法是注意耳场及周围环境，烧除枯枝、落叶及腐木，减少污染源，还需尽量早点种，加强管理，促使黑木耳菌丝早定植，生长快，尽早发满耳木能有效减少杂菌侵染。其次是低海拔地区气温高，夏季耳木要严防曝晒，以花花太阳的林荫地为宜，这样可大大减少裂褶菌、韧革菌、朱红栓菌等的发生。当耳木有杂菌浸染时，要尽量早刮除后涂以鲜石灰浆或涂刷漂白粉消毒。危害严重的耳木尽早清除烧掉。
