一、培养基质携带多种病虫源 绝大多数的致病菌和有害昆虫的寄主都是有机质。如稻草、棉籽壳和禽畜粪便等本身就携带大量病菌孢子、菌体、螨虫和蚊蝇等虫卵：在使用前需要将培养基做灭菌处理或发酵处理，以消灭或减少病虫源的基数，减轻痛虫害为害程度。
二、营养丰富的栽培基质为病虫繁殖提供了良好的食源 许多的害虫和病菌以腐熟的有机质为食源，如：跳虫、螨虫、瘿蚊、线虫、白蚁和蚤蝇等昆虫都喜食腐熟潮湿的有机质。经发酵熟化后用于栽培蘑菇、草菇和鸡腿蘑及白灵菇的基质能散发出特有的气味，吸引昆虫成虫在料里产卵。在食源丰富的情况下，螨虫、瘿蚊能以母体繁殖方式在短时间内快速地增殖后代，往往在30~40天后暴发成灾。熟化的基质也是竞争性杂菌的快速繁殖基地，如木霉、根霉、链孢霉孢子落入富含麸皮、玉米粉、棉籽壳并经过灭菌熟化后的基质内能快速繁殖，而同时接种的白灵菇菌种的生长速度慢，而杂菌生长速度远大于白灵菇菌丝生长速度。未经灭菌和熟化的培养基质，曲霉等杂菌未能侵染，一旦灭菌熟化后，杂菌很快地繁殖。
三、适宜的出菇环境为病虫繁殖提供优越条件 白灵菇发菌温度在20~26℃，出菇温度在10~15℃，培养基含水量在62%左右，出菇场所空气湿度在85%以上。适宜的环境使菌丝生长加快，出菇顺利，与此同时也适合某些病虫生活的条件。
四、食用菌与病菌在生理特性上差异性小，生理特性较一致 许多杀菌药易伤害菌丝和菇体，产生药害。例如，甲基硫菌灵和百菌清用于拌料，易抑制菌丝生长。多菌灵对白灵菇菌丝都有抑制作用，施用敌敌畏后导致不出菇或出畸形菇。
五、病虫同时侵入，交叉侵染 菇蚊、菇蝇身上携带螨虫和病菌，当其在培养基和菇体上取食和产卵时就传播病毒、螨虫和病菌，进而传染整个环境。
六、病虫侵害面广，繁殖量大，暴发性强 致病菌在前期未被观察到时，已在培养基内萌发和生长繁殖，一旦发现时已造成为害。菌丝在发菌期时无法用药控制，在出菇期有的病害需要多次用药，而有的病害无药可治，如细菌性的斑点病和黄菇病等要用药3次以上才能控制病情。螨虫、瘿蚊、菇蚊从培养基质、菌丝到菇体都能取食为害，在培养基的表面和里层都有虫体分布取食为害。
