银耳袋栽因生长周期短，且属中温型恒温结实菌类，两种菌丝混合体的生物学特性与众不同，在管理上只要稍有疏忽，都会导致欠产或全部失收。综合各地技术性失败原因剖析如下：菌袋基质欠佳。表现在接种后杂菌污染严重，主要原因是料袋灭菌不彻底；料袋质次，多针孔，以致污染严重；也有因培养料配制时水分过高，发菌慢引起杂菌污染；拌料装袋时间延长，袋温高，微生物活跃，其料酸败，菌种无法吃料定植。
栽培季节不当。在自然气温条件下银耳室内栽培以春秋为宜，但有的栽培户盲目提前或延迟接种，结果春遇寒流，秋遭高温，菌丝处在逆境下生长纤弱。尤其秋栽气温不稳定，特别是遇高温菌丝受损，影响出耳和产量。
接种把关不严。接种室及工具消毒不彻底，接种室四周环境卫生差或靠近食品酿造厂房；操作人员衣物带杂入室；不按无菌操作要求接种，导致杂菌污染。
发菌控温不好。银耳接种后头3天为萌发期，4－12天为生长期，对温度的要求，萌发期不超过30℃，生长期不超过28℃。有的栽培者没有很好掌握这个极限温标，秋栽发菌时超温不采取疏袋散热等措施，致使菌丝受高温危害，穴口吐黑水，发生烂耳；春栽发菌时遇到春寒，没及时加温，使菌丝长时间处于低温，结果穴口吐白色粘液，都直接影响出耳和产量。
开口扩穴误期。菌袋开口增氧的适合菌龄，通常分：开小口的为10天左右，过2－3天撕掉胶布，再过2天割膜扩穴，三道工序15－16天，如采用一次性完成的，其菌龄14－15天。栽培户常因开口扩穴时间拖延，使袋内菌丝严重缺氧导致生长衰弱，出耳困难或不齐而欠产。
喷水增湿过量。菌袋开口增氧盖纸后，未及时喷水，袋内呼吸旺盛，水分蒸发快，穴口菌丝干枯，原基难以形成。有的栽培者一见原基形成，就仿照黑木耳疏基一样进行喷枪直冲，把原基冲走。银耳原基为一粒或一朵，喷水过量，影响出耳率和幼耳；加之关门喷水，通风不良，造成霉菌发作而烂耳；也有的因栽培架过高，喷水时高层喷不到水，底层又过湿，造成高低层出耳不齐，甚至高层缺水，子实体发育不良。
房棚结构不妥。老房栽培银耳，多为单门，缺窗口，空气不对流，因此靠门口的通风好，长耳优，靠里面的长耳较差。有的栽培房上方不设通气窗，喷水增湿后水蒸气上升，下滴流淌聚在栽培架顶层的耳袋上，造成顶层菌袋烂耳。
菌种质量差。菌种本身不纯，带有杂菌或病毒，尤其是放射菌，混在菌种内，接种后萌发力极强，压倒银耳菌丝，以致无法出耳；有的因香灰菌丝退化，接种后初期走势正常，呈黑色，中途逐渐退成白色而消失，以致整批不出耳；也有因制种过程两种菌丝配比失调，香灰菌丝过旺占优势，而银耳菌丝受到抑制，致使出耳缓慢或出耳率不高。
防虫不及时。在菌袋开口撕布前，没有喷洒农药，开口后螨虫钻进穴口咬吃菌丝，无法出耳，也有的门窗没安装纱窗，尤其是春季原基分化成幼耳时，成群虫婴蚊从窗口飞入，且繁殖率极高，在穴口产卵形成幼虫，钻进穴内咀食菌丝，造成成批失败。
