平菇栽培方式有多种，不论采用那种栽培方式均会不同程度地发生杂菌污染，特别是在温度较高的季节更为严重。根据各种杂菌，如：绿霉、青霉、毛霉、木霉、曲霉、根霉、白霉、红色链孢霉等好氧、耐高温高湿的生活习性，可采取泥沙土覆盖，原料可就地取材，操作简便易行的防治方法：
一、平菇大床栽培防治杂菌方法
大床栽培平菇导致的污染有多种原因，首先应针对不同情况找到污染的原因（如突遇高温、料内进水、周边环境不净、虫害等）区别对待，根除污染源，而后对受污染的平菇进行如下处理：
若是料面零星发生杂菌，可用浓石灰浆涂抹或覆盖患处即可控制。若是大量产生杂菌时，可挖取地表30厘米以下的泥沙土（地下深层泥沙土无虫害和病害），然后打碎，加入2％的石灰粉并拌和均匀，揭去薄膜，在料面污染部位覆盖2-3厘米厚的泥沙土，覆盖面积要略大于污染面积，并将泥沙土稍拍紧。如料面严重污染时，应将整床料面覆盖，并用消毒液洗净薄膜后再覆膜，恢复常规管理。几天后菌丝恢复生长，泥沙土中会很快布满菌丝，不仅对平菇产量无任何影响，而且有一定的增产效果。
二、袋栽平菇防治方法
将被杂菌污染的菌袋拣出，选一处地势较高的地方挖一深60厘米左右的土坑（坑的大小视污染菌袋多少而定，并注意坑内不能有积水），将菌袋污染部位朝下放入坑内摆好（不用脱袋），间距5厘米填土隔离，并在袋上覆盖25-30厘米厚的湿细土或湿泥沙土，这样经过15-20天的培养，所有污染菌袋都会恢复正常。菌丝全部长好后，搬至菇场开袋出菇，出菇率基本不受影响。
