1、袋料面出现白色絮状气生菌丝
原因①菌袋含水量偏低，保湿发菌阶段空气温度不足。②搔菌后，催蕾室内二氧化碳浓度偏高，通风不足，延长了营养生长向生殖生长转化的时间。
措施①调整培养基含水量。②增加保湿发菌阶段空气相对湿度，防止气生菌丝生长过旺，形成菌膜。做好催蕾阶段室内保温与通风工作。
2、搔菌3天后，不见料面恢复
原因催蕾室小环境的空气过于流通，菌袋料面覆盖物未盖严。
措施集中处理，用冷开水连续2天内轻喷2-3次，使料面湿润，喷水10分钟后再覆盖，保持覆盖物与料面之间有较高的相对湿度。
3、菌袋料面呈黑色潮湿状
原因①直接将生水喷洒于料面。②薄膜水时间覆盖料面，引起膜上冷凝水回滴，导致菌丝萎缩，料面变黑。
措施用灭过菌的小刀挖去发黑部分培养料，重新保湿发菌。
4、菇蕾变色枯死
原因在诱导出菇阶段所分泌的小水珠未能及时风干，使菇蕾原基被分泌的水珠淹没，窒息而死。
措施待料面出现细小水珠时，逐渐加大室内通风，使室内的小水珠风干，水珠颜色呈淡黄色，清亮为正常，若呈茶褐色或混浊时，视为已被细菌感染。
5、原基密，有效菇稀
原因主要是金针菇发育不同步所致，因为抑制开伞，片面提高二氧化碳浓度，过早地将菌袋翻折下的塑料薄膜拉起，或过早进行套袋，使大部分菇蕾因得不到足够的氧气供应而窒息。
措施应根据不同季节，不同栽培环境，采取不同通风量的办法来解决。在抑制阶段要加大室内通风，让长得高的菇蕾发白。春夏秋冬，雨天要加大室内空气循环量，相对湿度保持80-85％，宜采用竖直往复式升降扇，确保栽培架每一层空气均能充分流动。
6、出现菌盖相连，菇柄扁平的“连体菇”
原因菇房内换气不充分，以及菌丝未达到生理成熟，培养基过干、菌种老化等原因均会导致“连体菇”的产生。
措施以简易二氧化碳测定仪监测基房内子实体不同发育阶段二氧化碳的含量；子实体发育过程中光强应低于200lx，每日受光2小时，分数次进行。
7、菇蕾粗细不一
原因幼蕾抑制失败。
措施在催蕾过程中要经常疏蕾，将特别粗壮的菇蕾拔弃。
8、“水菇”
原因菇房内空气相对湿度较高。
措施尽可能地降低菇房内的空气相对湿度。用竖直往复或升降风扇或180°转头电风扇吹，强制对流。调整好进排气量的比例，补进的新鲜空气应预冷排湿。采收前两天要加大空气对流量。
9、菇蕾发育过程易开伞
原因①菌袋质量。若菌丝稀拉，装料不紧，即使出菇，也易开伞。②栽培管理过程中温度、湿度、氧气、光照不协调。
措施菌袋培养过程中要加强空气循环，防止发菌阶段产生的热量无法散发，同时检查培养料含水量是否低于50％或高于70％，并检查菌袋灭菌是否彻底，三级种是否受到隐性污染。后两种可将三级种和未接种的栽培袋在无菌条件下回接入培养基内，观察是否出现污染。
10、杂菌污染
原因菇房周围及栽培场地、栽培架等没有消毒或消毒不彻底。
措施①菇房要认真消毒。消毒方法有两种：一是用福尔马林熏蒸，即每立方米空间用10毫升福尔马林与5克高锰酸钾混合熏蒸，密闭4小时，能达到消毒目的。二是用硫酸铜溶液喷洒，将硫酸铜配成5％的溶液。对菇房内外，栽培床架等物要全面喷洒。②菇架的消毒。如果菇架是用松木做的，易发生绿色木毒，要用硫酸铜溶液消毒。为了预防曲毒，青毒等杂菌，要用高效漂白粉进行彻底消毒，稀释浓度为100倍，静止1-3小时，取其上清液全面喷洒即可。③消除污染物。对被杂菌污染的瓶、袋要及时拿出室外或远离栽培处。否则杂菌孢子会扩散到整个菇房或场地。④化学防治。一旦菌害发生，可采取在水中加入漂白粉、土霉素等，将病原菌消除。不可在菇体上喷洒对人体有害的农药。
