一、注意补充菌料营养。由于脱绒设备的改进，棉子壳上的绒毛变少变短，导致其吸水能力降低，透气性变差;棉子油生产设备对棉子壳造成的破损数量减少，使棉子壳中所含的营养物质减少。因此，菇农必须增加一定的辅料，如豆饼、麸皮等补充营养。
二、选用新鲜的棉子壳。如果是陈棉子壳，要经过高温灭菌变成熟料才能栽培平菇。但现在多数菇农都是在9月之后才开始接种栽培平菇，为了操作方便，多是直接使用生料栽培。因此，这里要特别提醒菇农朋友，在购买棉子壳时，最好选择没有发生霉变的新鲜棉子壳。
三、掌握好菌种料水比。由于塑料袋具有良好的保湿性能，制作三级菌种拌料时一定要严格掌握好料水比。如果培养料含水量偏低，则菌丝生长缓慢、纤弱;如果培养料含水量偏高，则透气性变差，菌丝生长受阻。
四、抓好发菌期管理。菌种发菌期要求避光、干燥，并注意发菌室通风换气，这样经过一个月左右菌丝即可长满培养料。由于三级菌种发菌时间长，如果管理不当，很容易出现菌丝生长慢、感染杂菌、遭受虫害等问题，导致发菌失败。因此，一定要加强三级菌种发菌期的管理。
