1 农业防治
农业防治是通过调整栽培技术措施防治病虫害。主要方法如下。
合理轮作和间作 合理轮作可提高药材的可抗逆力。同科属中药材品种不能轮作或连作，如白术和地黄、甘草和板蓝根、丹参和北沙参等，不可轮作。
及时冬耕晒垡 很多病原菌和害虫在土内越冬。采取冬耕晒垡可破坏害虫的越冬巢穴，减少越冬病虫源，使表层土内越冬的害虫翻进土层深处。一般要求收获后深耕40厘米，使害虫不能羽化出土；同时土内病菌经日光照射，也可被杀死达到防病治虫的目的。
彻底清洁田园 田间杂草是病虫隐蔽及越冬的场所。清除田园杂草，在前茬作物收获后要彻底清除田间残株败叶，对易感病害的，还要清除残根，可有效防治病虫害。
2 生物防治
以虫治虫 利用天敌昆虫，如螳螂、草蛉幼虫、步行虫、石虫椿象、食蚜蝇和各种寄生蜂等。这些天敌对抑制害虫的密度起了重要作用，要保护这些益虫，使其顺利繁殖，控制害虫的危害。
以微生物治虫 利用细菌、真菌、病毒等昆虫病微生物来防治害虫，如苏芸杆菌等各种制剂，都有着很好的防治作用。
利用天敌动物治虫 有很多动物是害虫的天敌，如各种蛙类和益鸟都可捕食大量的害虫。调查研究表明，在一只蛙的食料中，害虫占70%以上。要积极保护自然界中的有益动物，进而对它们要加以引诱、繁殖和利用。
3 物理防治
利用温度、光、电磁波、超声波及核辐射等方法防治病虫害，如用温汤浸种可防治薏苡黑粉病、地黄线虫病；夜晚采用不同波长和颜色的灯光诱杀黄凤蝶和天蛾等鳞翅目害虫的成虫，均有一定防治效果。
4 化学防治
化学防治是当前对于中药材病虫害防治的主要方法，但是如果使用不当，将会造成农药的残留、环境的污染和病虫的抗药性。化学农药的使用，能不用的尽量不用；可少量用药的，尽量少用；能兼治的，尽可能兼治；能用其他防治方法的，尽量用其他防治方法。以减少用药次数为佳，仅在必须用药的关键时期再用药。
同时要避开天敌或选择对天敌较安全的农药品种，如常用防治绞股蓝等药材的白粉病和防治金银花等药材的炭疽病的甲基托布津；防治党参、延胡索、白芷、白芍等药材的锈病、叶斑病、霜霉病的百菌清等药物，在药材的整个生育期内最多用药次数不超过4次，最后一次用药距采收不少于14天。治虫用的敌百虫、辛硫磷、溴氰菊酯等各类农药，在药材的全生育期内最多用药次数不可超过3次，最后一次用药距采收不可少于7天。
