（1）冬季管理
箱栽天麻冬季的管理主要是防冻。一般采取室内或室外越冬的方法。
①室内越冬：10～11月份天麻的箱栽基本完成，可以放在室内保管。室内温度保持在1～5℃，让天麻度过50天的休眠期。50天以后，室内最好有取暖设备，逐渐升温，但千万不能使室温忽高忽低。如果在冬季就能使天麻萌发，开始正常生长，延长了天麻的生长期，易获得高产。例如阜新地区科委经试验，室内温度保持在20℃以上、25℃以下时，箱栽天麻只给30～40天的休眠期，然后放在20～25℃的房间内，天麻很快就萌发，并且天麻与蜜环菌的接菌很好，天麻很快就进入生长旺季，大大延长了天麻的旺季生长期，这给天麻增产创造了有利条件。这种做法，天麻的生长期几乎是一整年，其产量是春栽的2倍。
如果将天麻箱放在火坑上越冬也可以。有的天麻栽培专业户将40箱天麻分2层保存在两间房大小的火炕炕梢，给火炕天天加温，使箱内培养料的温度保持在15～18℃，培养料内的湿度为30%～35%，下层天麻很快就萌发了。然后将下层箱倒到上层，上层倒到下层，这样，下层箱天麻又很快萌发了。为了使天麻正常生长，每隔一周使天麻箱上下交换一下位置。天麻萌发之后才开始浇水。这种做法在严寒的冬季可以使天麻生长良好，提高了天麻的产量。生产实践证明：在冬季如果有取暖设备，使天麻尽早萌发，尽快解除休眠期，并让天麻与蜜环菌尽快结合上（接上菌），可大大提高天麻的产量。如果没有取暖设备，第二年的2～3月份温度逐渐上升时再栽培天麻，蜜环菌和天麻也能正常生长繁殖，但没有秋冬栽麻的产量高。
越冬期间箱内培养料的湿度控制在30%～35%，室内的相对湿度以45%～50%为佳。如果湿度太大，室温在10℃以上时，天麻处于休眠状态，而蜜环菌处在生长发育状态，蜜环菌便从天麻中吸取营养，造成大量烂麻。在天麻萌发之后，如果室温在15℃左右时，湿度要控制在45%～50%；当室内温度上升到20℃时，箱内培养料的湿度可控制在55%～60%。
②室外越冬：在房前后选择向阳背风较温暖的地方，搭个双层塑料棚。双层塑料棚的前墙高1.7～1.8米，后墙高2米，宽4.5～5米，长度可根据麻箱的多少而定。用木杆或钢筋搭架，先固定内层膜（墙内壁也包好塑料膜），再固定外层膜，两层膜的间隙应为15～20厘米。外层膜应把墙外层包好，且将塑料四周埋入地下45厘米深。留的门用双层塑料膜封好，保证不透风。在外围四周，紧靠围墙要挖深、宽各60厘米的防冻沟，沟内填满树叶或杂锯末，并用杂锯末堆到墙根约30厘米高。阴天或雨天之前，要覆盖保温棉被或雨布，睛天打开；晚上盖好，白天打开。3月份随着气温升高，可去掉一层塑料膜，变成单层塑料棚。使用中国农业科学院特产研究所设计的双层塑料棚，天麻箱栽越冬获得成功。
箱栽天麻在塑料棚内度过休眠期后，由于双层膜保温条件好，棚内气温逐渐上升，当气温达到20℃以上时，箱内湿度应控制在60%。
（2）春夏季管理
5月初最后一次霜过后，将塑料膜揭开后，把天麻箱放在坑内，坑址要通风向阳。挖深30厘米、宽0.5～1米的长条坑，在坑内先灌入半坑0.2%的高锰酸钾水溶液或者2%～3%的石灰水溶液。待水渗下去之后，放入2根或4根木杆，在木杆上摆放1～2行天麻箱。天麻箱放入坑内，主要是为了保湿，箱与箱、箱与坑边须留3厘米空隙，以利于通风换气。坑的四周要修防水坝，以防雨水浸泡麻箱引起烂麻。春季天麻箱不怕日晒，空气干燥时，可以经常浇水。浇水的原则是见干就浇，干多少浇多少，保持培养料潮湿。如果气温低要少浇水。夏季气温高，蒸发量大，应适当多喷水，并往坑边经常喷水。如果当地雨量大且多，空气潮湿，要少喷些水。只要培养的渗水性好，麻箱内不积水，天麻是不怕雨淋的。但是，如果培养料渗水性不好，伏天雨太大太多，易引起积水而烂麻；或温度过高（超过30℃）蒸坏天麻，要在天麻箱上面搭起防雨遮凉棚（即在帘子下面盖一层塑料薄膜）。天麻怕高温，当温度（料温）超过25℃，生长就受到抑制，这时可以喷水降温，但不要在中午浇水，以免蒸坏天麻。应该在晚间浇晾过的中性水（最好是偏酸性的水），使天麻箱内培养料的湿度保持在65%左右。
秋季管理：入秋之后，早晚和夜间要注意降温降湿，使培养料的温度逐渐降至40%～45%。随着气温的下降，天麻箱要及时搬入室内，使天麻保持一段生长时间。收获天麻时，温度应以30%～35%为宜，这样天麻在箱内长势良好，产量也高。
天麻生长期要防止霉菌的感染。一旦在土层上或箱上有绿霉菌、赤霉菌等杂菌感染时，可轻轻喷一层波尔多液（硫酸铜、生石灰、水的比例为1∶1∶140，将1份硫酸铜和1份生石灰分别用水溶解，将硫酸铜水溶液倒入石灰乳中，搅拌均匀，加至水140份）
