香附子由地下块茎、根茎、鳞茎和地上茎叶组成，块茎、根茎、鳞茎和种子都能繁殖。在杂草生长季节，2～3天即可出苗，条件适宜时，种子和根茎都能发芽且生成新的植株或块茎，新块茎萌生幼草，一株接着一株，连绵不断地生长。如果是不除根的防治，即使地上部分没有了，但地下部分会继续生长，7天左右便可达到原植株的高度。
由于有特殊难除的块茎根，防除香附子的关键便是杀根。防除香附子的最佳时期为抽薹开花前，因抽薹开花后杂草木质化水平高，传导和吸收能力差，此时需要很大的量才有较佳的防治效果。
适合棉花田防除香附子的药剂有：（1）三氟啶磺隆。先正达公司研制并开发用于棉花田，在棉苗20～30厘米时，有效成分1.5～2克/亩，对水30公斤，定向半定向喷雾，很少或不产生药害。有效成分亩用量超过2.5克全田喷雾到棉株顶上部叶片，遇病弱棉苗、不良气候条件很容易产生药害。（2）草甘膦异丙胺盐。在棉花生长旺盛期，香附子以块茎繁殖为主，且杂草密度大，不能进行喷雾除草，可采用41%草甘膦异丙胺盐200毫升对水15～20公斤，配成药液，人工用毛刷涂抹香附子成株茎叶上，使其吸收传导，块茎烂腐地中而绝种。
在实际生产中可以采取化学防除和农业防治相结合的方式，达到根除香附子，以节省人力物力的作用。农业防治方法，一是对部分香附子发生集中而又以块茎繁殖为主的地块，结合耕地或中耕松土，人工捡拾土中香附子块茎，带出田间晒干焚烧或作药用；二是7～8月香附子成株开花结籽期（种子未成熟前），拔除整株或割去地上部分的茎和花序，减少其种子落地，减少其靠种子繁殖而减轻危害。
