当前由于蔬菜大棚高度集约化的封闭管理和化肥的盲目过量投入，土壤退化问题十分突出。
土壤盐化和酸化长期过量施肥，不管是化肥还是有机肥都会造成盐分在土壤表层累积，发生次生盐渍化。当土壤盐分含量高于0.3%时就会抑制作物，特别是幼苗根系对养分的吸收利用。土壤酸化主要是大量偏施氮肥造成的，它对作物根系和土壤微生物都有不利影响。
土壤生物多样性被破坏为追求高效益而长期连作，使土壤微生物区系失衡，引发根结线虫、枯萎病、疫病等土传病害。这在“黄瓜村”、“大蒜乡”等单一种植的地区更为常见、更为严重。
土壤中自毒物质累积自毒是指在长期连作条件下，作物根系分泌、分解和淋溶的化学物质对自身、同种或近缘植物产生的抑制作用。它是一种化感作用，大豆、番茄、茄子、西瓜、甜瓜和黄瓜等连作时都容易产生自毒作用。
对于这些问题，应采取综合管理措施，进行大棚土壤退化的修复。
治理土壤盐渍化和酸化通过控制施肥量、施肥期及有机肥与无机肥的相互配合，氮磷钾肥平衡施用，合理施用有机肥和化肥；通过适当增施有机肥、秸秆还田和深耕压盐等措施改善土壤质地，增加通透性，降低土壤盐渍化；通过不同种类蔬菜轮作，菜粮轮作和在两季蔬菜休闲季节种植生长期较短的甜玉米、苏丹草、毛叶苕子、苋菜等填闲作物，都有利于改良土壤不良性状。
水肥一体化管理蔬菜根系大多浅而稀疏，茄果、瓜果等又多次采收，水肥要适量多次，实行一体化，进行综合管理。这样做不仅可以提高肥、水利用效率，还能消除或降低因大水大肥而带来的土壤退化和环境污染问题。建议对大棚茄果、瓜果类蔬菜，在肥水同步、少量多次进行的情况下，基肥亩施有机肥4000-7000公斤，每次追施尿素9-11公斤，硫酸钾10-12公斤；若采用微灌施肥技术，肥水施用量还可进一步减少，一般基肥亩施有机肥300-400公斤，每次追施尿素7-8公斤，硫酸钾施用量较尿素可再多一些。
秸秆生物反应堆和秸秆还田秸秆生物反应堆技术就是在定植行下或大棚周边开沟，放入秸秆和发酵复合菌剂，像高温堆肥那样调配好物料C/N比、水分和通气状况，覆膜并打孔，在田间条件下进行秸秆发酵。腐熟秸秆可以改土并作为肥料；释放的二氧化碳是早春温室迫切需要的碳源肥料；发酵热量可提高地温3℃-5℃。此项技术已在山东和我国北方温室推广应用。
石灰氮-秸秆消毒石灰氮肥是一种含有钙素，具有杀虫灭菌作用的迟效性氮肥。可在大棚换茬休闲季节，将每亩60公斤石灰氮与600公斤秸秆混施入土壤，适当灌水后起垄覆膜，进行闷棚。这样做能在施用氮肥的同时，消除或减轻蔬菜因缺钙、缺镁而产生的生理病害；肥料本身和产生的热量，还可以增加土温和杀灭线虫，提高闷棚效果
施用生物有机肥和调节剂除上述治理措施外，还可以利用富含拮抗微生物的功能有机肥及有趋避作用的作物残渣（如烟草秸秆等），在定植幼苗时围根穴施，为蔬菜建造一个根区保护带。实践证明，这样做能有效地防治线虫和病害，恢复根区土壤微生物活性，提高根系对土壤水肥的吸收利用能力，用户可以根据自身条件酌情采用。
