1 显微注射法 在众多转基因技术中，显微注射法因其出现早，研究深入，被推荐为一种最经典有效的方法。显微注射法的基本原理是将外源基因直接用显微注射器注入受精卵(雄原核)内，利用受精卵分裂繁殖中DNA的复制过程，将外源基因整合到DNA中进行表达。显微注射法的优点是导入外源基因的效率较高，常能获得良好的表达，操作简单，易于掌握，注射的基因不受片段大小限制，无需载体。此法不足之处为外源基因绝大部分是头尾相连，拷贝数不等地随机整合到受体染色体上，因而其表达水平在转基因个体间常不稳定。另外，显微注射法不能将外源基因导入发育较晚阶段的胚胎细胞；显微注射法所针对的是受精卵，对一些单胎动物或少胎动物，加之低整合率，阳性后代出现的机率很少。
2 干细胞介导法 80年代初针对显微注射法存在的弱点，还出现了胚胎干细胞介导法。这一方法是从胚胎分离出胚胎干细胞，通过转录将外源基因导入细胞内，再将其转入到植入前胚胎的胚泡腔，带有外源基因的胚胎干细胞(ES细胞)可嵌入宿主囊胚的内细胞团中参与胚胎发育，将来出生的动物其生殖系统就可能整合上外源基因，通过杂交繁育可得到具有纯合目的基因的个体，即转基因动物。这种方法简单易行，整合率也很高，同时外源基因的表达、整合和稳定能在细胞水平(受精卵)上选择，减少了工作量，工作周期也缩短。但该法产生的转基因动物为嵌合体，给实际应用带来一定困难。
3 反转录病毒法 80年代末出现了反转录病毒法，反转录病毒是一类通过DNA进行复制的RNA病毒，感染宿主细胞之后，病毒基因组通过反转录成为DNA，称为前病毒DNA，其中一条前病毒DNA可整合到宿主细胞染色体中，将外源基因通过分子技术连接在病毒RNA上，通过病毒本身的增殖感染，将携带的基因转移给受体细胞，外源基因整合于宿主染色体，而在发育成熟的个体中表达。与显微注射法相比，反转录病毒法的优点是可以在胚胎的各个时期进行整合，而且整合位置特定，不导致宿主基因组的重排；此法操作简便，无需特别的仪器设备。但是反转录病毒感染宿主时，为非同源整合，结构不稳定，调控区内会发生相互作用，且携带外源基因片段长度有限，还要求进行细胞复制。所以反转录病毒法要求外源基因和反转录病毒有一定特殊性。不过，反转录病毒法是目前生产转基因鸡效率最高的方法。
