彻底清园冻棚前的首要工作是彻底清园。在冻棚前，要把拱棚内的枯枝残叶全部清理干净，因其上面携带着大量的病原菌，土壤中的病菌数量多了，能够安全完成越冬的病菌数量自然也就多了，所以菜农应及时清理干净棚室。
撒施粪肥拱棚蔬菜生产结束后，菜农要立即清理田园，迅速将粪肥撒入土壤中，然后在鸡粪表面喷施激抗菌968肥力高、发粪宝等，深翻土壤，将鸡粪翻入地下，促进鸡粪提前腐熟。如果土壤干旱，还要注意浇一水，提高土壤湿度，促进微生物繁殖。
深翻土壤撒施粪肥后，将棚地深翻，这样土壤透气性增加，冻土层才会更深，冻棚的杀菌杀虫效果才会更好。一般将土壤深翻30厘米左右，将土块打碎耙匀，留下的孔隙越大越好，然后进入自然冻棚期。
