水分直接影响着发酵床的功能性，是影响菌种发生功能作用的因素，菌种起作用时水分一般要求65%（金宝贝发酵床标准），简单判断办法为：用手紧抓物料一把能成团，松手落地能散开，水分过高过低均不利。也就是说锯末的水分含量在65%时，菌种开始发挥最佳的功能作用，开始发酵发挥作用。但是在实践操作中到底如何判断锯末等垫料的水分呢？这里以金宝贝发酵床为代表，如何根据其结构判断水分：
锯末本身水分：根据锯末来源不同，水分也有所不同，如果是新鲜锯末，如杉木、樟木、杂木等经过加工后的锯末，含水量随树的品种不同而有很大的差异，一般按60%估算，如果是陈年干锯末最干通常按30%计算。
一个金宝贝发酵床20平米，50公分厚锯末，20m2×0.5m=10方锯末，1方锯末按190kg算，也就是1900kg,按干锯末含水量30%算的话就是570kg水分重，
粪尿中的水分 猪每天的粪便排泄也是很大一部分，粪样含水量一般就有60%左右，可以不计较，尿却是很大的一部分，每头猪按每天4kg排泄量计算，一个金宝贝发酵床20平米15-20头猪（按15计算）也就是60kg的水分了，这是很大一部分水分来源，所以可以不加水；
其它 饮水残留的，饲料残留，人工饲养过程中有时引起的，或下雨外渗的等，当然必须做好避雨防渗工作，这是很小的一部分，可不计较。
经过一段时间后，就可达到发酵时要求的水分含量了，使功能微生物的作用发挥到最佳，以前处于休眠状态的也活动起来。但如果水分过多了采取在底部打洞通气、将过湿部分垫料清出晒干、添加干燥锯末垫料等应急措施。
另外新鲜锯末表面不再喷水，里面更不可加水，陈年老锯末只在表面喷一点点水（5-10cm）即可；北方发酵床表面可略喷水，南方做床表面不喷水，除非特别干，主要是因为北方干燥，空气湿度大；潮湿地区（气候）不喷，干燥地区可喷。
