羊舍等消毒每年春秋各一次。羊舍常用的消毒药物和消毒方法如下：①用生石灰加水配成10％~20％石灰乳，适用于消毒口蹄疫、传染性胸膜肺炎、羔羊腹泻等病原污染的圈舍、地面、用具及排泄物等。②3％~5％来苏尔溶液可供羊舍、用具和排泄物的消毒；2％~3％来苏尔溶液用于手术器械及洗手消毒。③0.5%过氧乙酸溶液用于喷洒地面、墙壁和食槽等；④1%~2%的氢氧化钠溶液用于被细菌、病毒污染的圈舍、地面和用具消毒；⑤0.5%~2%氯胺溶液用于被污染的器具和圈舍消毒。
羊舍消毒应分两步走。先清扫，后用消毒液喷洒地面、墙壁和天花板；产房应在产羔前、中、后期进行多次消毒；病羊舍入口应有消毒池或浸有消毒液（2%~4%氢氧化钠溶液等）的麻袋片或草垫。
门卫消毒在出入口处经常放置浸有2%~4%的氢氧化钠或10%的克辽林消毒液的麻袋片或草垫。
地面消毒主要指运动场地面消毒。每年春秋各消毒1次。可用含2.5%有效氯的漂白粉溶液、4%福尔马林或1%氢氧化钠溶液喷洒消毒。
粪便污水消毒主要采用生物热消毒法。即离羊舍100米以外把粪便堆积起来，上面覆盖10厘米厚的沙土，发酵1个月后即可。污水应引入污水处理池，加入漂白粉（或生石灰）进行消毒。消毒药用量视污水量而定，一般每升污水用2克~5克漂白粉。
