消毒分三种：物理消毒、化学消毒和生物消毒。最好是将几种方法结合起来，化学消毒应该是重点，物理消毒是难点，生物消毒是辅助作用的。
（1）正确选用消毒药: 在预防和消灭传染病时应考虑不同病源微生物对清毒药的敏感性不同，一般病毒对碱、甲醛较敏感，而对酚类抵抗力强，大多数消毒药对细菌有很好的杀灭作用，但对形成芽胞的杆菌和病毒作用却很小，因此在选用消毒药时应针对消毒的对象，做到有的放矢，这样才能有好的防治效果。不要长期使用一种消毒药，应选用两三种消毒药交替使用，以免产生耐毒株。
高效消毒药对细菌和芽孢等都有效，如：过氧乙酸
中效消毒药对所有细菌有效，对芽孢无效，如：碘制剂
低效消毒药属抑菌剂，如：季铵盐类
（2）消毒的方法：包括火烧、熏蒸、饮水、喷雾等方法，根据不同的消毒目的而选用不同的方法。 消毒常使用方法是刷洗、涂抹、浸泡、喷洒和熏蒸。畜禽栏舍的空栏消毒一定要按以下程序进行：清扫→清洗→干燥→消毒→清洗→再消毒，而且要注意消毒过程中的先后，要自上而下的进行，即先屋顶→梁→墙壁→地面。彻底的清扫是有效消毒的前提。在带畜禽消毒时，一定要选择高效无毒、保证人畜安全的消毒剂，喷洒时以畜体达到湿润欲滴的程度为宜。地面消毒每平方米喷药量要达300—500毫升，并保持30分钟以上。带畜禽消毒动作要轻，声音要小，防止应激反应。消毒时不应仅限于畜禽体表，应顾及所在的空间与环境。有条件的单位应使用电动或机动喷雾器，效果更好。
（3）被消毒对象的洁净度：如果对鸡舍的地面消毒，但由于粪便的存在，就会降低消毒效果的60%。
(4）温度：在一定条件下，温度越高消毒效果越好。
（5）浓度：浓度要适宜，切忌过大过小，一般按照说明书配比即可。
