鸡群转出或淘汰后，鸡舍会受到不同程度的污染，需要加强空舍期间管理，以减少、杀灭舍内潜在的细菌、病毒和寄生虫，隔断上下批次间病原微生物传播，为转入鸡群及周边鸡群提供安全的环境，在空舍时间(最少要达20天)保证基础上，重点要做好鸡舍清理、冲洗、消毒等关键环节管理。
一、鸡舍清理管理
鸡舍清理的时间宜早，一般在上批鸡转出或淘汰后1～2天内开始：①将料塔、饲料储存间及料槽清理干净以避免饲料浪费；②将鸡舍内的鸡粪清出舍外，保证冲洗效果；③按照从上到下的原则对屋顶、坨架、房梁、墙壁、风机、进风口、排风口等处的尘土、蜘蛛网进行清扫；④对饮水系统(如饮水管、减压阀)、供电系统(配电箱、开关、电线)、笼具等设备设施进行清扫；⑤对舍内的风机、电器设备控制开关、闸盒等进行包裹或其他保护。
鸡舍整理时尽量不要将设施和物品移出舍外，要在舍内进行统一整理、冲洗和消毒。如设施或物品必须移出，则在移出前应进行严格的清扫和消毒，以防止细菌或病毒污染其它区域。
二、鸡舍冲洗管理
鸡舍整理完毕后2～3天可对鸡舍进行冲洗。冲洗时按照先上后下、先里后外的原则，保证冲洗效果和工作效率，同时还可以节约成本，冲洗的顺序为：顶棚、笼架、料槽、粪板、进风口、墙壁、地面、储料间、休息室、操作间、粪沟，防止已经冲洗好的区域被再度污染，墙角、粪沟等角落是冲洗的重点，避免形成“死角”；冲洗的废水通过鸡舍后部排出舍外并及时清理或发酵处理，防止其对场区和鸡舍环境造成污染。
对饮水管与笼具接触处、线槽、料槽、电机、风机等冲洗不到或不易冲洗的部位进行擦洗。进入鸡舍的人员必须穿干净工作服、工作鞋；擦洗时使用清洁水源和干净抹布；及时对抹布进行清洗；洗抹布的污水不能在鸡舍内排放或泼洒，要集中到鸡舍外排放。
冲洗整理完毕后，对工作效果要进行检查，储料间、鸡笼、粪板、粪沟、设备的控制开关、闸盒、排风口等部位均要进行检查(每个部位至少取5个点以上)，保证无残留饲料、鸡粪及鸡毛等污物。对于冲洗不合格的，应立即组织重新冲洗并再次进行检查，直到符合要求。
三、鸡舍消毒管理
1.饮水管消毒。在鸡舍冲洗完毕当天进行，用0.04%的安福消毒液浸泡至少30分钟，最好待鸡舍熏蒸完毕开封后，再用清水冲洗干净。
2.火焰消毒。鸡舍冲洗干燥后进行，主要对笼具、地面等耐高温部位进行，目的是杀灭各种微生物及虫卵。
3.喷洒消毒。在火焰消毒的当天或第二天，舍外墙壁用白灰喷撒消毒，舍内屋顶、地面、笼具及设备，用季铵盐类、络合醛类等消毒液全面喷洒消毒。特殊情况下，可用驱虫药物喷洒，消灭舍内残留的寄生虫和虫卵。
4.熏蒸消毒。在喷洒消毒当天进行，消毒前将所需物及工具移入，将鸡舍的进、出风口，门窗、风机等封严，用21克/立方米漂白粉和42毫升/立方米甲醛溶液熏蒸，保证熏蒸时间在24小时以上，进鸡前1～3天可进行通风换气并对熏蒸的残留药品清理和冲洗。
5.微生物监测。为确认消毒效果，可以进行微生物监测，如不能达到要求，需要重新对鸡舍进行消毒，具体内容见下表。
