养鸡户在消毒过程中存在许多误区，致使消毒达不到理想效果。消毒误区主要表现在以下几点：
消毒不全面 一般情况下对鸡的消毒方法有3种，即带鸡（喷雾）消毒、饮水消毒和环境消毒。这3种消毒方法可分别切断不同病源的传播途径，相互不能代替。带鸡消毒可杀灭空气中、禽体表、地面及屋顶墙壁等处的病原体，对预防鸡呼吸道疾病很有意义，还具有降低舍内氨气浓度和防暑降温的作用；饮水消毒可杀灭鸡饮用水中的病原体并净化肠道，对预防鸡道病有意义；环境消毒包括对禽场地面、门口过道及运输车等的消毒。很多养殖户认为，经常给鸡饮消毒液，鸡就不会得病。这是错误的认识。饮水消毒操作方法科学合理，可减少鸡肠道病的发生，但对呼吸道疾病无预防作用，必须通过带鸡消毒来实现。因此，只有用上述3种方法结合给鸡消毒，才能达到消毒目的。
消毒不连续 消毒是一项连续的防病工作，因此时间最好不间断。带鸡消毒和饮水消毒的时间间隔如下。
带鸡消毒 育雏期一般第3周以后才可带鸡消毒（过早不但影响舍温，而且如果头两周防疫做得不周密，会影响早期防疫），每2天～3天消毒1次；育成期宜4天～5天消毒1次；产蛋期宜1周消毒1次；发生疫情时每天消毒1次。疫苗接种前后2天～3天不可带鸡消毒。
饮水消毒：育雏期最好第3周以后开始饮水消毒（过早不利雏鸡肠道菌群平衡的建立，而且影响早期防疫）。饮水消毒有两方面含义：第一，对饮水进行消毒，可防止通过饮水传播疾病。第二，净化肠道，一般每周饮1次～2次，每次2小时～3小时即可。防疫前后3天、防疫当天（共7天）及用药时，不可进行饮水消毒。
消毒液选择不当 消毒液过于单一：总用一种消毒液容易使病菌产生耐药性，同一批鸡应交替使用消毒液。注意：应选择不同成分而不是不同商品名的消毒液。市面上销售的消毒液，很多是同药异名。
消毒液无针对性 不同的消毒液对不同的病原体敏感性是不一样的，一般病毒对含碘、溴、过氧乙酸的消毒液比较敏感，细菌对含双链季铵盐类的消毒液比较敏感。所以在病毒多发的季节或鸡生长阶段（如冬春、肉鸡30日龄以后）应多用含碘、含溴的消毒液，而细菌病高发时（如夏季、肉鸡30日龄以前）应多用含双链季铵盐类的消毒液。
忽视了影响消毒的因素
温度：一般情况下，消毒液温度高，消毒效果可加大。实验证明，消毒液温度每提高10℃，杀菌效力增加1倍，但配制消毒液的水温不超过45℃为好。另外，在熏蒸消毒时，需将舍温提高到20℃以上，才有较好的效果，否则效果不佳。
湿度：很多消毒措施对湿度的要求较高，如熏蒸消毒时需将舍内湿度提高到60％～70％，才有效果；生石灰单独用于消毒是无效的，需洒上水或制成石灰乳等。
污物或残料：灰尘、残料（如蛋白质）等都会影响消毒效果，尤其在进雏前消毒育雏用具时，一定要先清洗再消毒，不能清洗消毒一步完成，否则污物或残料会严重影响消毒效果，使消毒不彻底。
消毒液的浓度和剂量：消毒液浓度并不是越高越好，浓度过高一是浪费，二会腐蚀设备，三还可能对鸡造成危害。另外，有些消毒药浓度过高反而会使消毒效果下降。消毒液用量方面，在喷雾消毒时按每立方米空间30毫升为宜，太大会导致舍内过湿，用量小又达不到消毒效果。一般应灵活掌握，在鸡群发病、育雏前期、温暖天气等情况下应适当加大用量，而天气冷、肉鸡育雏后期用量应减少。
