散养户或规模化养殖户猪、鸡舍的环境卫生体系还很不完善，粪便处理不科学，温度、湿度、通风、光照等环境因素控制不力等等。即使外部封锁隔离十分严格、消毒防疫十分周密，猪、鸡发病率依然居高不下，严重影响了养殖业的发展。我们从以下几个方面分析猪鸡疾病难以治疗的原因。
1防疫
1.1不按程序防疫
对于养猪业，需要严加控制的传染病主要有猪瘟猪丹毒、猪肺疫，常用的疫苗是猪瘟疫苗、猪瘟-猪丹毒-猪肺疫三联弱毒冻干苗。例如，仔猪预防接种应在2月龄断奶时进行，留种者应每年加强免疫一次，在疫区更应提前接种，断奶后再接种一次。农村散养户往往怕麻烦，不管是否疫区，一般只选择在月龄接种次，留种者也不再加强免疫。也有的养猪户，根本就不免疫。
对于养鸡业，需要严格控制的传染病很多，如鸡新城疫、鸡痘、鸡马立克氏病、鸡传染性支气管炎、鸡法氏囊病等，这些病都有相应的疫苗，防疫程序也较为完善，在正规的孵化场，鸡出壳后均接种马立克氏病疫苗，养鸡户可以不再做马立克氏病的免疫接种。搞规模饲养的农户，特别是肉用鸡饲养户，一般都按照这个程序（或孵化场、饲料推销商提供的免疫程序）进行接种免疫，但散养户的免疫工作普遍做得不好，他们均选择春秋两季集中免疫，且以新城疫为主，对于其它疫病则不予重视。“防重于治”，对那些危害性较大的传染病，既要严格规范免程序和疫苗，还应根据当地畜禽的发病特点和规律以及母源抗体情况和环境卫生条件灵活变通，死板和教条地生搬书本上的免疫程序，极有可能导致免疫失败。
1.2疫苗保存不当
特别是在没有冰箱的条件下，更是时有发生；使用生水稀释疫苗；注射疫苗时一个针头用到底，既不更换针头，也不严格消毒；使用过期的疫苗；将疫苗故意低浓度稀释；疫苗注射剂量不足（如皮下注射时穿透皮肤，注射时太匆忙，释放动物太急等）；不根据畜禽的发病特点和规律以及母源抗体情况、环境卫生条件、灵活变通，照搬书本上的免疫程序；使用活菌制剂时，配合使用抗生素或含有抗生素的饲料及饲料添加剂??所有这些，都会导致免疫失败，给养殖户造成严重损失。
1.3疏于防、检疫管理
一些乡镇兽医站将防疫任务承包给防疫员，通过防疫员收取防疫费或检疫费，却不对他们进行严格的管理，致使一些防疫员只知道伸手向农户索要防疫费、检疫费，却从来不给猪、鸡防疫或检疫。一些地方猪、鸡传染病的流行，给专业技术人员和管理人员敲响了警钟。
2治疗不力
2.1单一处方用药
一些养殖户遇到病畜只知道使用青霉素、链霉素、地塞米松。在使用这个方剂效果不明显时，往往又不去分析原因，不改变思路选择合适的药物和方剂，而是盲目地任意加大青霉素、链霉素的剂量，有时甚至超出常规用药剂量的几倍、十几倍甚至几十倍。对于不太敏感的微生物，过量使用抗生素，不但不能杀死或抑制，相反会使微生物增加对药物的耐受性和适应性，结果只能使动物感染性疾病更加难治。地塞米松是激素类药物，适量应用有抗炎、抗过敏、抗毒素、抗休克等作用，但长期过量应用，能扰乱体内激素分泌，降低机体免疫力，造成直接危害（如肌肉萎缩无力、骨质疏松、生长迟缓），突然停药后会产生停药综合征（如发热、软弱无力、精神沉郁、食欲不振、血糖和血压下降等），导致动物机体产生药物依赖而不利于后期的防治。
2001年6月第修订，第13次印刷的《新编兽医手册》介绍，链球菌对链霉素、红霉素、卡那霉素、四环素等药物敏感。沈阳农业大学畜牧兽医学院对检测出的仔猪C群链球菌的药敏试验结果证明，该型细菌对庆大霉素、头孢菌素、氨苄青霉素、氧氟沙星、恩诺沙星高敏，对新霉素、卡那霉素、螺旋霉素、环丙沙星中敏，对青霉素、链霉素、红霉素、磺胺嘧啶、强力霉素、诺氟沙星则有抗药性。内蒙古通辽市畜牧兽医研究所的药敏试验结果则证明，硫酸阿米卡星对链球菌有明显的抑菌作用，其它如青霉素类、头孢菌素类、四环素类、喹诺酮类均对链球菌无抑制作用。
2.2磺胺药使用不合理
磺胺类药物是临床常用的抗菌药物，如磺胺嘧啶（SD）、磺胺间甲氧嘧啶（SMM）、磺胺二甲氧嘧啶（SDM）、复方新诺明（SMZ）等。许多兽医并不清楚磺胺药的作用机理，不知道磺胺类药物只能抑制细菌生长繁殖、不能彻底杀死细菌，临床用药很不规范，不懂得遵守“首次突击量，以后用维持量，症状消失后使用最小量”的用药规律，不清除脓汁和坏死组织，用药间隔太长或太短等；在发现治疗效果不好后，不是检查自己的判断是否准确，及时改换其他有效抗微生物制剂，而是继续毫无标准地加大剂量使用磺胺药。这样做，都会使那些原本对磺胺药比较敏感的微生物也开始呈现耐药性，一些原本使用磺胺药能治好的传染性疾病变得难以治疗。
2.3治疗不彻底
因为怕花钱，有些农户在猪、鸡得病后不按时给药，有时宁肯使用劣质兽药，有时在病情稍稳定后即停止用药。任何一种药物在体内维持药效的时间总是有限的，当药物降低到一定浓度时就必须及时补充用药，否则，病原菌就有可能在含有较低药物浓度的机体内顽强生长繁殖，逐步产生耐药性，甚至发生变异，给今后的治疗工作带来较大难度。
3随意引种
引种不慎，很容易造成“物种侵害”，如日本引种美国的牛蛙，就已经导致了严重的生态失衡。广州封杀“食人鱼”事件，是一个明智之举，但许多人还不理解。从兽医学角度看，引种不慎，极有可能将耐药菌株引过来，也可能将某些病毒引过来，造成新的传染病流行，严重危害养殖业发展。有时可能还会危及人类的健康和生命。所以，引种工作必须规范，如果继续这样毫无控制地随便引种，很难估计会引发哪些灾难性的传染病。
