运输种蛋是引进良种、交换良种和育种工作中不可缺少的一个环节。运输种蛋首先要备好装放用具，目前普遍采用的是种蛋纸箱，纸箱可用硬板纸或瓦楞纸制成，箱内放置纸皮做成的方格，每格放一个蛋，蛋的上下左右都有纸皮隔开，可以避免蛋与直接碰撞。这些方格也可用塑料蛋托或压模纸盒代替，一般每层装30–36枚，每箱装蛋300–360枚。如果不骨这种专用纸箱，用木箱也可以，但要尽力避免蛋之间的直接接触，可将每枚种蛋用纸包裹起来，箱底和四周多垫些纸或其他柔软的填充物。也可用稻壳、锯未或碎麦草作为垫料。不论用什么工具装蛋，都应尽量使蛋的大头朝上，并排列整齐。在运输过程中，不管用什么运输工具，都要注意尽力避免阳光曝晒和雨淋受潮。因为阳光曝晒会使种蛋受温而促使胚胎发育（属不正常发育），更由于受温的程度不一，胚胎发育的程度也不一样；就会影响孵化效果；种蛋被雨淋过之后，壳上的受到破坏，细菌就会侵入，还可能使霉菌繁殖，严重影响孵化效果。装运时，一定要做到轻装轻放，严防装蛋用具变形，严防强烈震动。如果道路高低不平，车辆颠簸厉害，应在装蛋用具下多铺些垫料。
种蛋运到目的地后，应尽快开箱检查，除去破损的蛋，若发现有些蛋被破蛋的蛋清或蛋黄所污染，应立即用干净软布擦干，将种蛋装进盘内，做好孵前的消毒工作，然后入孵，不能再保存。
