消毒是综合性预防动物疾病的重要措施之一，规范化的养殖场必须建立严格的消毒制度。2008年以来，我们在对规模养殖场审查动物防疫条件中，发现消毒工作中存在许多问题：
消毒布局不合理在对申办的260个规模猪场和鸡场的现场审查中，只有9个大型养殖场有消毒池，16个场有更衣消毒室，但其设置也不规范，场区大门没有消毒池，而是只设置在生产区入口处，更衣消毒室设置在场区门口，每栋畜舍门口也没有消毒池或消毒垫。只有2个猪场设置有专门的售猪台。
消毒设备不足只有14个养殖场在消毒室设置紫外线灯，其余就仅仅只有小型喷雾器，只有36个场有冲洗设备，高压灭菌器仅有5个。
利用不合理消毒池不符合标准，有的过浅或过短，有的不能存水，有的不放消毒液。人员进入紫外线消毒室不作停留，起不到消毒作用。消毒设备形同虚设。
工艺流程不合理大部分猪场没有空舍期，无法对猪舍彻底消毒，这也是老场难饲养疾病多的主要原因。
消毒方法不准确忽视化学消毒前机械性的清除工作。被消毒的现场存在粪便、饲料残渣、污水等，阻碍消毒药物作用的发挥。消毒剂被大量的有机物所消耗，严重降低了对病原微生物的作用。有的在消毒池或畜舍周边堆放厚厚的生石灰，实际上生石灰没有消毒作用。生石灰是氧化钙，只有遇水后生成带有氢氧根离子的熟石灰才具有消毒功能。有的使用放置时间过久的熟石灰，但它已吸收了空气中的二氧化碳，成为没有氢氧根离子的碳酸钙，已完全丧失了杀菌消毒作用。
消毒药物选用不当有的长期使用一种或两种消毒药物进行消毒，不定期更换，致使病原菌产生耐药性，影响了消毒效果；有的仍在使用传统季铵盐类、酚类、乙醇等对某些病毒效果不显著的消毒剂；在配制消毒药液时，任意增减浓度，认为刺激性越强的消毒药效果越好，随意加大消毒药的浓度，强烈的刺激性气味反而加重畜禽的病情。有的消毒液配好后又放置时间过长，甚至两种药物混合或同时在同一地点使用，这样不科学、不正规的配制与使用方法，大大降低了药物的消毒效果。
管理松懈许多养殖场没有制定消毒程序，或有的制定有消毒程序，但没有落实到每一个相关人员，消毒随意性很大，起不到应有的效果。有的只重视栏舍消毒而忽视环境及运动场消毒，忽视人员消毒和工作衣帽鞋消毒。大部分养殖场对粪便不作无害化处理，随意将粪便、污物、残渣等堆放在场内或场周边造成环境污染。对政府和业务部门参观考察碍于情面，不消毒就放行进入生产区。尤其是让收购者和收购运输车辆不严格消毒进入生产区，甚至让收购者入舍抓猪抓鸡，危害甚大。
针对以上养殖场存在的消毒问题，需采取以下对策，加强消毒。
按照农业部《动物防疫条件审查办法》中的规定，做好消毒布局和设备的配置。场区出入口处设置与门同宽，长4米、深0.3米以上的消毒池；生产区入口处设置更衣消毒室；各养殖栋舍出入口设置消毒池或消毒垫；生产区内清洁道、污染道分设；场区入口处配置消毒设备；圈舍地面和墙壁选用适宜材料，以便清洗消毒。
消毒工作要规范化、制度化要制定严格的消毒制度和消毒程序。坚持做好各个环节的消毒工作，包括外来运载的车辆、人员的消毒及周围场地的消毒等。根据生产饲养的不同阶段、不同部位、不同环节、不同对象、不同目的，采取不同的消毒方法，以达到最佳的消毒效果。杜绝收购者和收购车辆入场。建立空舍期，彻底消毒。
选用适宜的消毒药一般选择杀菌性能好、作用迅速、效果确切、杀菌谱广；性质稳定，腐蚀性较小，易溶于水；使用方便和价格适宜的消毒药。消毒药的选择既要考虑对病原微生物的杀灭效果，又要考虑对人畜的安全，如氢氧化钠溶液，对病毒、细菌、芽孢、真菌等都有很好的杀灭作用。对人畜有很强的腐蚀作用的药物，只有在空栏时才能使用。喷雾剂消毒药物应选用杀菌力强、刺激性小的药物。生石灰要配制成20%的石灰乳消毒，主要用于墙壁和环境消毒。经常更换消毒液的品种。
规范消毒操作方法消毒前要首先做好环境、栏舍的彻底清洗工作，对于高的栏舍可从上到下喷洒大量的消毒液，待清扫杂物、污垢后用高压水枪充分冲洗，等干燥后，再换另一种消毒药喷洒一次，完成后用水清洗干净，必要时再熏蒸消毒。工作衣帽鞋要浸泡消毒或高压消毒。
