使用多种疫苗预防不同的传染病时，需要根据各种疫苗的免疫特性合理地制定预防接种的次数和间隔时间，即免疫程序，其主要内容包括疫苗种类、接种时间或接种动物日龄、接种方法、剂量、不同疫苗之间的间隔时间、同一种疫苗二次接种间隔的时间等。
科学的免疫程序不仅能有效防止畜禽疫病的发生，减少因疫病所造成的损失和危害，还可以减少抗生素的使用，降低药物残留量，发展无公害畜产品。因此每个鸭场尤其是种鸭场都应重视预防接种工作，制定一套适合自身的免疫程序，在最佳的接种时间，选择合适的疫苗类型，采用正确的接种方法，保证种鸭的健康，规避养殖风险，提高养殖效益。
当前我国种鸭场免疫的现状
近几年，我国养鸭业虽有了很大的发展，但与猪、鸡等相比，我国养鸭的规模依然相对较小，各科研单位对鸭各方面的研究相对滞后，成果相对较少，这其中就包括种鸭免疫这一技术。当前能见到的种鸭免疫很多都是参照种鸡的免疫，或者根据管理经验总结而得，这样的免疫程序是否科学和有效，很难判断。
当前，很多种鸭养殖场尤其是农村养殖户，几乎对种鸭的免疫程序一无所知，往往是从别人或其它场找来一个方案即盲目仿照使用，根本不考虑其合理与否，由此带来的后果可想而知，不仅预防效果微乎其微，甚至人为造成了本地区未曾暴发的传染病的发生和传播。
制定种鸭场免疫程序的建议
掌握有关免疫的基本知识
为了制定合理的免疫程序，应首先熟悉有关的免疫名词，如母源抗体、基础免疫、加强免疫、毒株等。其中母源抗体是指雏鸭在孵化期从母体获取得到的各种抗体，雏鸭初期接种疫苗会被相同鸭病母源抗体中和；基础免疫是指鸭体的首次或最初几次疫苗接种所出现的免疫效果在没有达到较高抗体水平以前的免疫，大部分疫苗的基础免疫需要接种多次才能达到满意的免疫效果；各种疫苗接种后所产生的预防作用都有一定的期限，在基础免疫后一定的时间，为使鸭体继续维持牢固的免疫力，需要根据不同疫苗的免疫特性进行适时的再次接种，即所谓加强免疫；毒(苗)株则是从不同地区采集的病料中在实验室条件下培养的病毒(细菌)，一种疾病一般存在众多类型的毒(菌)株。
调查鸭场所在地的疾病发生和流行情况
疾病的发生具有地域性，通过对鸭场周边地区疫病的调查了解，选择相应的疫苗进行免疫本地曾发生过或正在发生的疾病，未曾在本地发生的疾病则不用免疫。用疫苗预防本地没有发生过的病，不仅意义不大，而且浪费人力、财力，严重者会人为地将病源引进本场，导致该疫病的暴发。但应将禽流感等不存在地域性或危害严重的烈性传染病无条件地纳入免疫程序。
熟悉种鸭易患疫病的发病特点
熟悉种鸭主要疫病的发病日龄和流行季节，从而选择在合适日龄、疫病高发季节来临之前接种对应的疫苗，才能有效控制疫病。如鸭病毒性肝炎只发生于雏鸭阶段，尤其是10日龄左右最高发，故种鸭的鸭病毒性肝炎首免就要在雏鸭到场1日龄内进行。此外，疫病的发生有一定的季节性，如秋冬季易发病毒性疾病，夏季多发细菌性疾病。
选择合适的疫苗类型
疫苗一般有活苗、死苗、单价苗、多价苗、联苗等多种类型，不同的疫苗，其免疫期与接种途径也不一样。种鸭场要根据实际需要选择合适的疫苗类型，如新场址，幼龄鸭应选用灭活苗，预防选择联苗，而紧急接种使用单苗。另外，同一种鸭病由不同毒株所引起的，其抗原结构也不相同，必须选择免疫原性相同的疫苗接种。
科学安排接种时间和间隔
(1)同时接种两种或多种疫苗常产生干扰现象，故两种病毒性活疫苗的接种时间至少间隔1周以上；免疫前后停止喷雾或饮水消毒，尤其是注射活菌苗前后禁用抗生素。
（2）在种鸭的一个生产周期内，某些疫苗需要多次免疫接种，这些疫苗的首次接种，应选择毒力较弱的活毒苗做起动免疫，以后再使用毒力稍强的或中等毒力的疫苗做补强免疫接种。
(3)制定免疫计划要结合本场的实际和工作安排，避开转群、开产、产蛋高峰等敏感时期，以防止加剧应激。
考虑所饲养种鸭的品种特点
鸭的品种不同，对各种疾病的抵抗能力也不尽相同，由此对其免疫程序要有针对性。如樱桃谷种鸭易患的疾病主要是病毒性肝炎、鸭瘟和鸭霍乱，故樱桃谷种鸭养殖场(户)在制定免疫程序时要重点考虑这三种疾病的免疫问题，而其它鸭病则可根据当地疫情灵活安排。
注意鸭体已有抗体水平的影响
种鸭体内已经存在的抗体会中和接种的疫苗，因此在种鸭体内抗体水平过高时接种，免疫效果往往不理想，甚至是反面的。种鸭体内抗体来源分为两类：一是先天所得，即通过亲代种鸭免疫遗传给后代的母源抗体；二是通过后天免疫产生的抗体。
母鸭开产前已强制接种某疫苗，则其产种蛋孵出的雏鸭体内就含有高浓度的母源抗体，若此时接种疫苗则削弱雏鸭体内的母源抗体，使雏鸭在接种后几天内形成免疫空白，增加疾病感染机会。故在购买雏鸭前，应先知道种鸭的免疫情况，对于种鸭已免疫的疫苗，雏鸭应推迟该疫苗的接种时间。
后天免疫应选在种鸭抗体水平到达临界线时进行。抗体水平一般难以估计，有条件的种鸭场应通过监测确定抗体水平；不具备条件的，可通过疫苗的使用情况及该疫苗产生抗体的规律确定抗体水平。
