近几年无公害栽培菜农总是同低毒农药联系起来，但是却很少菜农将蔬菜施肥同蔬菜的卫生联系，但是过度的施用氮肥容易导致硝酸盐过高，而在运输以及贮藏：硝酸盐转化成亚硝酸盐，人体中各类胺同亚硝酸盐结合又产生亚硝酸胺这强致癌物质对人体造成大危害。
过量施用氮肥还对土壤、水体污染严重。长期大量施用氮肥，特别是硫酸铵、氯化铵等会使土壤逐渐酸化。残存在土壤中的硫酸根、氯离子及尿素中的缩二脲等有毒物质会使土壤中的微生物及蚯蚓等逐渐减少。土壤的酸化还加速了土壤中营养元素的流失，最终使土壤板结，丧失耕种价值。
蔬菜要注意控施氮肥。施氮肥时，要量出为入，防止过量。无公害栽培蔬菜要禁用硝态氮肥和以硝态氮肥为原料生产的复合肥。采用科学施肥方法：基肥以腐熟的有机肥为主，配合施用磷钾肥。追肥要根据蔬菜不同生育阶段及肥料的需要量大小分次追肥。注意基肥要分层施、深施或沟施。叶面喷施或结合浇水追肥。大力推广有机肥，减少氮肥用量。要多用充分腐熟的优质畜禽粪等厩肥，合理使用人粪尿。厩肥一定要通过堆积、充分发酵等处理，可高温堆积亦可用沼气发酵。人粪尿要设化粪池贮藏发酵，并加3-5％过磷酸钙和石膏粉，减少氨的挥发与流失。
