(一)管理因素 主要包括以下几个方面:光照、温度、湿度、垫料、密度、环境、饲养方式等。
1．温、湿度。当冬季鸡舍温度低于20℃，或非常干燥时，因卵孢子化不良，鸡球虫病的发生也随之减少;在高温和高湿的春季和夏季，鸡球虫病的发病率较高，特别是在南方湿度大的梅雨季节前后为多发时期，在这个时期，由于垫料较潮湿，我们经常发现球虫病反复发作。
2．卫生、防疫。实践证明一些大型鸡场由于加强了卫生消毒、合理防疫等工作，因球虫病造成的损失相对较少或为零，而在小型鸡场和养鸡专业户由于鸡场条件差，技术力量薄弱，对球虫病不够重视，容易暴发球虫病。
3．实验表明，间断光照比连续光照感染球虫的危险性要高些，原因是前者会造成鸡积极翻动垫料而致感染机会增加，同时改善了卵囊孢子化条件。
4．垫料的管理在控制球虫病上具有重要意义，垫料的管理不可忽视，其总的要求是:松、干、薄。
5．高密度饲养是一种不良致病因素，当密度过大，鸡舍内空气较差，球虫病的发病率较高。高密度鸡群会造成卵囊密度增加，而致感染机会提高。
6．饲养方式不同可引起对球虫病感染的显著差别，对网上饲养的鸡群而言，感染球虫病的机会是极低的。这主要是网上饲养的鸡不容易接近地面感染源的原因。
(二)饲料因素 饲料中的各种抗营养因子，如单宁酸、植酸、棉酚和抗胰蛋白酶等，易与肠壁黏膜而结合，导致肠壁的损伤，饲料中电解质平衡失调，使排泄的粪便湿度增加，都使球虫病的发生率提高;饲料中维生素A和维生素K缺乏，使消化道黏膜和血液凝固机制受损，容易遭受球虫病的侵袭;限制饲养时，鸡由于饥饿，啄食垫料，感染的机会增加，也会提高发病率。优质全价饲料能提高机体对球虫病的抵抗能力，蛋白质、维生素、无机盐等饲料组分在控制球虫病上具有重要意义，饲喂粗砂粒、颗粒饲料及粗纤维饲料也会降低球虫发病率;另外饲料中的抗营养因子也会导致肠壁吸收障碍而致垫料湿度增加。
(三)应激因素 应激在生产中，鸡的球虫病常在应激反应出现的几天后发生。这些应激反应包括营养失调、习性的改变、运输和气候变化等。剧烈的应激反应除有利于球虫病的发病外，还可促进球虫病的恶化。鸡群如受到MD感染，其机体对球虫免疫会受到干扰而引发球虫病;感染了IBD病毒的鸡会使球虫病的症状加剧，可致盲肠出血提前，死亡率提高，黄曲霉毒素的存在会使球虫病死亡率提高40%。
(四)宿主差异 鸡的品种、年龄、性别不同，对球虫病抵抗力有显著差别。一般而言，幼雏对球虫的易感性较大;公雏对球虫的易感性高于母雏;白鸡的抵抗力比褐色鸡的抵抗力差;品系越纯对球虫的易感染性越强。
(五)耐药性 由于抗球虫药的长期使用，以及使用方法不当，球虫很容易对一些药物产生耐药性。任何一种抗球虫药在使用一定时间后，都会引起球虫耐药性甚至形成耐药虫株，并对该药同类或作用机理相同的其他药物产生交叉耐药性，因而，选择合理的用药方法，制订正确的用药方案，可以最大限度地延长抗球虫药的使用寿命。
(六)球虫虫株的种类、数量以及寄生部位 虫株不同，其致病力也不同，感染数量未达到一定程度，其个体不表现出球虫症状，对中等毒力的虫株而言，感染数量过多时，所产生新的卵囊数却相应减少，称为“相挤效应”，不同虫株有其特定寄生部位，如果寄生部位发生改变其致病力会下降乃至消失。
(七)与其他病原关系 组织损伤和肠道功能的变化可造成各种有害细菌的入侵和繁殖，在鸡体内大肠杆菌和球虫之间有相互作用。鸡群如受到马立克氏病病毒的感染后，对球虫病的免疫力受到干扰容易引发球虫病;传染性法氏囊病可加剧球虫病，而球虫病会大大加剧传染性法氏囊病的危害作用;球虫病和呼肠孤病毒同时存在时，鸡发生跗关节疾病的比例比单独发生呼肠孤病毒时大大提高;球虫病和黄曲霉毒素同时存在时，死亡率可高达60%.研究表明球虫与其他肠道细菌具有协同作用，肠道细菌会起到增强球虫致病力的作用;球虫感染后可使机体对ND，MD，IBD的易感性增强。
