做好环境消毒，减少传染源。被水淹没过的圈舍、围栏、饲喂用具等应当经过彻底消毒，才能重新使用。一般可采取冲洗、日晒等物理方法，也可选用石灰水、烧碱、过氧乙酸、酚类等化学消毒剂进行消毒。牲畜垫草全部焚烧，牲畜粪便采取堆积发酵的方法进行处理。常用消毒药品及其使用方法：（1）石灰水：用新鲜石灰配成的10%至20%的石灰水，可用来消毒场地，粉刷棚圈墙壁等。石灰水的配制方法为：1公斤生石灰加4公斤至9公斤水。先将生石灰放在桶内，加少量水使其溶解，然后加足水量。石灰水现配现用，放置时间过长会失效。（2）草木灰水：适用于对棚圈、用具和器械等的消毒。草木灰水配制方法为：在10公斤水中加2公斤至3公斤的新鲜草木灰，加热煮沸（或用热水浸泡3昼夜），待草木灰水澄清后使用。将草木灰水加热后使用才有显著的消毒效果。（3）烧碱：2%烧碱溶液可用来消毒棚圈、场地、用具和车辆等。3%至5%的烧碱溶液可消毒被炭疽芽孢污染的地面。消毒棚圈时，将家畜赶（牵）出栏圈，经半天时间，将消毒过的饲槽、水槽、水泥地或木板地用水冲洗后，再让家畜进圈。（4）高锰酸钾、甲醛：对禽舍等密闭空间熏蒸消毒。按每立方米体积用甲醛28ml，高锰酸钾14g，将高锰酸钾倒入甲醛，密闭门窗，室内温度达到15℃，相对湿度达到60%~80%，维持12h。消毒后，要通风2-3天，畜禽方可进棚舍。（5）过氧乙酸：2%至5%的过氧乙酸溶液，可喷雾消毒棚圈、场地、墙壁、用具、车船、粪便等。（6）复合酚：复合酚100倍至300倍液适用于消毒畜舍、场地、污物等。（7）百毒杀：用百毒杀3000倍稀释液喷洒、冲洗、浸渍，可用来消毒畜舍、机械、器具等。百毒杀2000倍稀释液可用于紧急预防畜禽舍的消毒。百毒杀10000倍至20000倍稀释液可用于储水塔、饮水器消毒，可以杀死微生物、除藻、除臭、改善水质。
二、水灾过后，强化免疫。由于冲走、淹死的动物尸体不能得到及时地掩埋或进行卫生处理，因腐败而污染水源等环境，加上水退后蚊蝇大量孳生繁殖，极易引发和传播新的动物疫病。洪水将土壤中的一些细菌芽胞冲出地面，可引起接触的动物感染发病。灾后是各种动物疫病最易发生流行的特殊时期，做好动物防疫工作十分重要，区畜牧兽医局小分队积极配合各乡镇动物防疫管理员紧紧地依靠地方政府组织村兽医防疫人员深入灾区，按当地免疫计划和免疫程序对漏免和新补栏的动物开展相应疫病（高致病性禽流感、猪瘟、牲畜口蹄疫、高致病性蓝耳病等）免疫工作。
三、无害化处理病死、溺死动物。洪水灾害使病原大量暴露，易导致动物疫病发生、扩散。特别是一些畜禽被水冲散、发病、死亡。死亡畜禽体内带有大量致病微生物，如不及时进行无害化处理，及时消毒，任其腐烂发臭，病菌会随水流、空气到处扩散，不仅污染环境，还容易引起人畜疫病大流行。对病死、溺死的畜禽，不要食用，更不要随意乱丢，应进行深埋、焚烧或投入病死动物无害化处理池进行无害化处理，深埋地应选在远离人畜、水源的地方，坑深2米以上，尸体入坑后，撒上一层石灰或烧碱，再用土填平，填土离地面1.5米左右。
四、加强饲养管理，提高畜禽抗病能力。一要保持畜禽圈舍清洁干燥、通风良好，蚊、蝇较多的地方，可采用杀虫剂喷洒灭虫或在圈舍内外烟熏驱蚊。二要多饲喂一些优质饲草饲料，不饲喂霉变饲草饲料以防中毒。三是注意饲料饮水卫生，饲养过程中如果水源受到污染，可在每吨水中加入6～10克漂白粉进行消毒。
五、依法灭病，预防为主。国家对动物防疫实行预防为主的方针，依法灭病是每个公民的职责和义务。广大畜禽养殖场（户）应做到以下几点：发生动物疫情时，应及时报告当地动物防疫部门，以便尽早采取措施，控制疫情蔓延；不出售、不食用以及不随意丢弃病死、溺死畜禽以防病原体扩散；对患病畜禽停留过的场地、圈舍以及接触过的用具等要及时进行清洗消毒；出售畜禽前主动向动物防疫监督机构报检，未经检疫或检疫不合格的不准出售。
