1．发酵
一般情况下，鸡场产生的鸡粪可直接作农作物肥料使用。但通过堆积发酵后，不仅可以有效杀灭鸡粪中的各种病原，而且大大增加肥力。特别是发病鸡群产生的鸡粪及污物应通过发酵处理。这是一个好的污物处理方法。具体方法是定期收集鸡粪、垫草等，堆积在一个合理的空地上(也可堆积在一个坑里，但不能积水)，用湿泥密封覆盖压住，进行发酵。气温较高的季节应堆积发酵2个月以上，冬季3个月以上，然后，用作农作物的肥料。
2．制沼气
一个鸡场可建造沼气池，将清洗鸡舍和用具的污水收集到沼气池中进行发酵产生沼气，沼气可为鸡场提供能源，如果沼气量不够，可将鸡粪直接排入到沼气池发酵。通过沼气发酵的沼液(渣)也是很好的肥料，也能有效杀灭病原。
3．深埋
这是无害化处理病死鸡和污染物最常用的方法。选择一个不污染水源、不影响周边环境的地方，也可在鸡场内的空地上，挖坑深埋病死鸡。坑要一定深度，坑底铺上一层生石灰，鸡尸体上覆盖的泥土层厚度至少有1．5米以上。泥土覆盖后的地表及周围环境应喷洒消毒药品。装运尸体、污染物要用能密闭的容器或用不漏水能密闭的运输车，防止在搬运过程中污染环境。
