种蛋产出后会或多或少地污染，蛋壳上会附着很多细菌，随时间的推移，细菌数量迅速增加，有些细菌通过蛋壳膜进入壳内，污染种蛋。因此，必须对种蛋进行认真消毒，而且越早越好。种蛋消毒方法很多，但效果最好、最常用的还是用甲醛熏蒸消毒法。
种蛋产出后在鸡舍内进行第一遍消毒，种蛋运到孵化场蛋箱表面喷雾消毒。选蛋前用消毒液洗手，如果种蛋表面不干净，先在熏蒸柜里三倍量熏蒸，消毒 30分钟后放入蛋库。如果种蛋较洁净可以直接归库（选蛋室、种蛋库每天都要清扫、拖地和用菌毒杀喷雾消毒）；种蛋入孵时将蛋车和种蛋一起喷雾消毒后再推入孵化器，机器升温后进行上蛋消毒（甲醛二倍量熏蒸消毒，避开24小时~96小时胚龄）30分钟；照蛋时操作人员需用消毒药洗手，落完后对出雏器进行二倍量熏蒸消毒30分钟；当大约孵化至20天，有5%雏鸡啄壳时，出雏器两侧各放一个纸蛋托，放入福尔马林自然挥发，用量为6ml/m3~7ml/m3，每4小时放一次，捡雏前2小时甲醛一倍量熏蒸消毒20分钟。
