一、 及时做好消毒灭源和溺、病死动物无害化处理
除了清扫、冲刷、洗擦、日晒、焚烧、堆积发酵等物理消毒和生物学消毒方法以外，常用10%~20%的石灰水、草木灰水、2%的烧碱溶液、2%~5%的过氧乙酸溶液、漂白粉、三氯异氰脲酸等消毒药物进行消毒。同时对水灾溺、病死的畜禽尸体，不要食用，更不要随意乱丢,应进行深埋或焚烧无害化处理。
二、 及时做好动物的补免和强化免疫工作
水灾过后，严查畜禽是否在免疫保护期，如已临近免疫保护期或畜禽免疫抗体下降不在保护范围内，应立即进行补免和强化免疫。进行免疫时,疫苗的使用剂量应遵照疫苗使用说明书进行免疫接种。
三、及时做好灾后畜禽常见疾病的诊疗工作
水灾过后，动物易发生中毒病、胃肠道疾病、多种动物传染病和寄生虫病。其中最应引起重视的传染病和寄生虫病是牛羊炭疽病、耕牛血吸虫病、钩端螺旋体病、猪丹毒、猪肺疫、链球菌病、鸡法氏囊病、球虫病等。
四、及时做好动物疫病的监测，疫情报告工作
灾后,对与水灾关系密切的炭疽、丹毒、巴氏杆菌病、血吸虫病等烈性传染病、人畜共患病和寄生虫病等进行重点监测十分重要。从事动物饲养、经营的单位和个人发现疫情后应立即报告。
五、全面加强饲养管理,提高畜禽抗病能力
应认真做好圈舍、饮水、饲料的卫生管理。灾后一段时期,畜禽饲养着重点应放在饮水、饲料的清洁上，多饲喂一些优质饲草饲料，不喂霉变饲草饲料，保证清洁干净的食物供给,增强畜禽抗病能力。
