洪水过后是各种动物疾病流行期和高发期，要立即采取措施进行消毒灭源和溺死动物无害化处理工作。
由于洪灾期间粪池漫溢，污染物随水流动，被水淹没过的圈舍、围栏、饲喂用具等受到严重污染。同时，土壤中的致病菌被洪水冲刷出来，造成环境大面积污染，会引发动物疾病。为此，要对圈舍、围栏、饲喂用具、周边环境进行一次彻底大清扫、大消毒。用10%~20%的石灰水、草木灰水、2%~3%的火碱溶液、2%~5%的过氧乙酸溶液等消毒药物消毒，同时做好灭鼠工作。不要食用溺死的畜禽尸体，更不要随意乱丢，应在当地动物卫生监督部门指导下进行深埋或焚烧处理。另外，洪水过后，动物卫生防疫部门要有组织有计划地进行免疫接种，提高动物群体免疫密度。
专家提醒养殖户，要加强饲养管理，提高畜禽抗病能力。注意圈舍通风换气，控制好舍内温度、湿度，及时清刷食槽、饮水器，清除舍内粪便、垫料。猪、牛、羊实行圈养，避免家畜因食入被病原污染的饲草或水而染疫。畜禽饲养着重点应放在饮水、饲料的清洁上，多饲喂一些优质饲草饲料，不喂霉变饲草饲料，在保证清洁干净的食物供给的基础上，在饲料或饮水中添加维生素等提高畜禽免疫力的添加剂，以增强畜禽抗病能力。
