雏鸡的大肠杆菌病是一种常见、多发病。因为它是条件性致病菌，它在鸡体内常年存在，只有在某些应激下，才会发病，甚至在鸡群暴发，所以雏鸡发病是多种条件因素诱发而引起。通常生产中都依赖药物来控制本病，但由于微生物的耐药性，生产上使用药物的剂量越来越大，不但损伤雏鸡健康，影响机体免疫功能，而且药害、药残危及生态。因此，对大肠杆菌病的防治应该是综合性的。
首先是从源头上控制大肠杆菌对鸡的污染，这要通过净化种源减少种鸡对种蛋的污染，并做好孵化种蛋、孵箱和鸡舍消毒，减少环境中的大肠杆菌对种蛋和出壳雏鸡的侵袭。
二是注意雏鸡的饲养管理，防止应激诱发大肠杆菌病的发生，如雏鸡的运输和鸡舍的保温，防止雏鸡受低温诱发腹泻；雏鸡从出壳到进鸡舍一般超过48小时，应尽早让雏鸡开水和开料。
三是要及时做好鸡的疫菌苗的免疫，提高机体的抗病力，如马立克氏苗和法氏囊疫苗的免疫，可以防止机体的免疫抑制和细菌性并发症。
四、可以用药物或微生物制剂抑制鸡肠道内的大肠杆菌数量，提高肠道有益微生物群，控制大肠杆菌病，如用氟哌酸等药物可有效地抑制大肠杆菌；用乳酸菌、肠球菌、枯草芽孢杆菌等微生物可抑制大肠杆菌，提高肠道内有益菌数，调整肠道菌群比。药物和有益微生物制剂还可用于发病鸡群。
