在养殖业中使用抗生素的现象非常普遍，但问题不能忽视。很多地方使用抗生素类药物已远远超出了抗菌的范围，不但存在超剂量使用行为，还存在滥加使用残留量高、毒副作用大的抗生素类药物的行为，导致细菌产生抗药性，给畜禽疫病防治带来了新的难度。湖南省沅江市农业局高级畜牧师李翠英专家提醒广大养殖户不可滥用抗生素。
抗生素所产生的耐药性是一个全球性问题，畜禽饲料中长期使用某一种抗生素后，不仅可以使病原菌的耐药性菌株数量增加，而且可使正常菌株对该抗生素产生耐药性，影响药物的治疗效果。现已发现，抗药性甚至可以向人体转移，影响人类疾病的控制。
动物长期使用抗生素，可直接对动物机体产生毒副作用，使免疫机能下降或逐渐减弱，更易感染疾病，一些过去可以形成终生免疫的疾病也频频复发。抗生素在饲料中长期添加还会导致抗原质量降低，直接影响免疫功能，对免疫接种产生不良影响。
抗生素在治疗动物疫病的同时，必然存在一定的毒副作用，长期使用会在动物体内产生大量的耐药菌。人类在食用这些动物肉类时，不但其体内残留的抗生素会转移到人体，动物体内产生的耐药菌株也会传播给人类，而人类对此几乎无法防范。现已证明，饲料中添加的抗生素在肠道中未被完全吸收的部分，从畜禽的粪便中排出，对大气、水源、土壤等产生污染，给人类的生存环境带来不良影响。
抗生素在动物体内对病原微生物杀灭和抑制的同时，难免也会影响机体内有益菌群生长。长期大量使用，会造成机体内菌群失调，微生态平衡被破坏。就个体而言，抗生素破坏消化道的膜菌群，外源致病菌便乘机而入，导致二重感染。
饲料添加抗生素时，应严格控制添加量。有的养殖户为了保证疗效，随意加大添加量，这样不仅增加了生产成本，提高了病原的耐药性，而且会带来环境污染。
严格控制用药时间。一种抗生素在使用一段时间后，有些存活下来的病原菌对这种抗生素产生了抗药性。控制用药时间，可以有效地限制药物在畜禽产品中的残留量，提高肉食品的安全性。
