1900年代早期，禽流感在意大利被首次确认。1960年1000多只普通燕鸥在南非死亡，这是第一次发现禽流感引发的高死亡率案例，属于H5N3型。
根据联合国环境规划署迁徙物种公约工作组公布的技术文件指出，H5N1亚型禽流感的源头来自集中饲养的家禽，极端的饲养环境造成病毒的变异，鸟类贸易、滥用疫苗、运输等人类活动也对禽流感病毒的变异有着推动的作用。野外研究显示，绝大多数罹患禽流感的野生鸟类，都是在迁徙、越冬和繁殖过程中与人类饲养的家禽有近距离接触的物种，而那些自始至终远离人类社会的野生鸟类，即便是水鸟，并且保持很高的种群密度，至今仍未有禽流感爆发的报告。
源自饲养场的病毒感染野生鸟类，尤其是水鸟，这使得病毒随着鸟类迁徙而发生扩散。2003年末到2004年初在东亚爆发的禽流感被认为验证了候鸟传播病毒的假设：疫症先在韩国南部，候鸟的中途站出现，然后途经香港，最后到达越南。由于香港相对卫生环境较好，以及先前已具有对付疫症的经验，病症并未有在当地造成大规模爆发。但卫生环境相对较差的越南，不单使禽鸟死亡，还对人类造成影响。至2004年1月底已有接近20人死亡。然而鸟类学者则指出，根据西伯利亚－东亚－澳大利亚鸟类迁徙通道的规律，早在每年的11月末到12月初候鸟就已经基本完成从北向南的迁徙，此前在香港进行的无线电定位跟踪研究也显示，在仲冬季节几乎没有鸟类迁飞的活动。另据观测，绝大部分水鸟的越冬地位于北纬20度以北地区，只有白眉鸭和针尾鸭会迁至越南，然而其过境时间却在12月初。鸟类学者普遍认为从时间和空间上，2003年底爆发的禽流感与候鸟迁徙并无重叠，故此大部分鸟类学者并不认同候鸟传播病毒的说法。
被指传播禽流感病毒的不仅仅是候鸟，据2005年10月27日第三届非欧亚迁徙性水鸟保护协定缔约国大会公报指出，携带和传播禽流感病毒的途径除了候鸟的迁徙外，还有牲畜的运输、家禽和笼鸟运输、与这行业相关的活动、合法或非法的鸟类贸易以及人类的交通。
在家禽中鸭、鹅一旦受到感染，抗病能力比较高之余，病发后的生存机会也很高。然而，鸡只对流感病毒非常敏感，一旦受到感染的话，不单止传播得快，而且染病的鸡很快就会死亡。农民过去一般称这种现象为“发鸡瘟”，并未有特别留意背后的原因或病发的机制，直到出现禽流感经动物向人传播并至死的病例后，人们才开始关注禽流感。目前人们应对禽流感的主要手段，是对染病以及可能染病的家禽集体屠杀后进行消毒深埋等无害化处理，以免病毒积累，并进而影响人类。
