食用菌菌种在培养过程中均会不同程度地发生诸如绿霉、青霉、曲霉、根霉、毛霉以及细菌等杂菌污染，高温季节尤为严重。生产过程中由于杂菌的侵害，往往会引起减产甚至绝收。
灭菌不彻底
培养料灭菌不彻底会造成杂菌污染，一般3~5天即可出现污染现象。而灭菌不彻底也是由于下列几个原因引起的：
霉菌操作不当：一般杂菌的菌丝体与孢子经过常压100℃、6~8小时或121℃、0.5~2小时均能杀死。目前食用菌培养料往往采用常压灭菌法或高压灭菌法。常压灭菌对谷粒、粪草等材料的灭菌难度较大，不容易完全达到灭菌的效果；而高压灭菌法效果则要好得多。
培养料性质的影响：制种所需材料的种类、培养料中的含菌量、含水量以及酸碱度等都能影响灭菌效果。灭菌时，要根据培养料配方的不同，选择相应的灭菌时间。
菌种瓶（袋）堆放不当：菌种瓶（袋）在灭菌锅内的堆放形式可影响灭菌的效果。在排放时要留有一定的空隙，以便蒸汽的流通和升温。对菌种袋装的培养料灭菌时，由于塑料袋受热后容易变形变软，如装料不紧，叠压堆放时则菌袋之间的空隙会减少，影响灭菌的效果。
菌种瓶或菌种袋的影响：制种时一般选择菌种瓶或菌种袋。塑料袋传热速度快，而玻璃瓶则传热速度慢，在相同培养料，使用相同的灭菌方法时，瓶装料要比袋装料灭菌时间稍长一些。另外，个别容器密封不严或细小破损，也可以导致杂菌的污染。
接种操作不规范
食用菌接种过程需要严格的无菌操作，如操作不规范则极易造成培养料的杂菌污染。污染的杂菌一般是接种室空气中杂菌、菌袋表面的杂菌以及接种人员的体表杂菌等。操作不规范引起培养料污染的特点，是杂菌在培养料表面生长，一般发生在菌袋开口处以及接种处。因此必须要严格遵守无菌操作规程，接种室要用"菌室专用消毒王"进行严格的消毒处理。
菌种带杂菌
用于扩大培养的原种本身必须是纯菌，这样才能保证菌种的单一性。如果菌种本身不纯，可造成批量污染，生产中的一批菌种中，集中在一起的菌种都出现污染，而且污染的部位在菌种块处，污染出现较早，接种3~5天即可出现。因此我们在制种时应尽量采用生活力强、菌龄适宜、抗逆性强的优良菌种原种。
培养室不洁净
培养料不洁净、空气不流通、室内潮湿，也可感染杂菌。这种情况下污染率相对较低，但随着培养时间的延长，污染率会逐渐增加。大量污染出现比较晚，一般在接种10天后出现。
