发酵床养鸡并不排斥消毒措施，要求正常管理条件下正常消毒，以保证舍内有足够的有益菌浓度。鸡舍外，按照正常程序消毒，以阻断病原微生物的传播途径。在遇到局部、地区性、或全国性的大的疫病流行，或整个鸡场需要全面消毒处理时。仍可进行正常消毒程序。实践证明。正常消毒几乎不影响发酵床的工作。因为即便杀伤力很强的消毒液，也只是对表层部分的功能微生物有影响，消毒液不会对整个发酵床数以亿万计的功能微生物造成什么彻底的伤筋动骨的威胁。对管理用药的要求，本身并不排斥发现鸡患病后的药物治疗及预防用药。由于许多药物经过体内代谢已基本分解，所以正常的低剂量药物预防和治疗对发酵床不会产生太大影响。
