由于需要孵化的鸭蛋数量过多，往往都需要保存一段时间，但是如果保存不当，常常会使鸭蛋的质量受到影响。种鸭蛋质量的保证，是提高种鸭孵化率的一个关键因素。现笔者将有关保存种鸭蛋的要求总结如下，以供参考。
蛋壳的结构
种鸭蛋要求蛋表面致密均匀，厚薄适度。蛋壳厚度一般为0.035毫米-0.04毫米。蛋壳过厚过硬时，孵化时受热缓慢，水分不宜蒸发，气体交换不良，破壳困难；过薄时水分蒸发过快，孵化率降低。蛋壳结构不均匀、表面粗糙等均不宜作种蛋使用。
蛋形的原则
种鸭蛋形状大小要正常，呈卵圆形，过长过圆、两头尖等都不宜作种蛋使用，蛋重应符合品种要求，过大过小都不好，蛋重过小孵出的雏鸭较小，蛋重过大孵化率会偏低。大型肉鸭蛋重一般为85克-95克为宜。
种鸭蛋表面保持清洁
蛋壳表面不应有粪便、泥土等污物，否则污物中的病原微生物侵入蛋内引起种蛋变质，或由于污物堵塞气孔，妨碍蛋的气体交换，影响孵化率。同时在孵化过程中污染机器，如果有少许种蛋受到轻度污染，在入孵前先进行必要的处理后方可入孵。
保证种蛋的新鲜
种蛋的贮存时间越短越好，以贮存7天以内为宜。3天-5天为最好的保存期。两周以内的种蛋虽然能保持一定的孵化率，但若超过两周则孵化期推迟，孵化率降低，雏鸭弱雏较多。种蛋的新鲜程度除与保存时间有关外，还与保存的温度、湿度、方法等有关。
在鸭蛋产出以后，由于蛋壳表面有一层胶质膜覆盖着蛋壳的气孔，既可以防止水分过分蒸发，又可以防止细菌等微生物从蛋壳气孔侵入蛋内，所以不能够用水进行洗刷，以免破坏了蛋壳上的胶质膜，影响到鸭蛋的质量。
要注意温度及湿度。保存鸭蛋的温度一般在10℃-15℃最适合，如果温度高于24℃，种蛋的胚胎就会出现发育缓慢的情况，甚至会死亡，从而导致孵化时死胎增多。由于种鸭蛋在保存期间会通过气孔不断蒸发造成水分丢失，所以贮藏室必须保持一定的湿度，相对湿度为70%-80%最为适宜，并且还应该保证贮藏室里通风顺畅。
注意种鸭蛋保存的位置和及时、定期翻蛋。鸭蛋在保存期间，如果摆放位置不当或者长期摆放不动，时间长了就容易发生蛋黄、胚盘与蛋壳粘连的情况，从而导致胚胎的死亡。为了防止出现这种情况，应该把种蛋的钝端朝上放置，并且如果保存时间较长，还应该每天翻蛋一次，以保证鸭蛋的质量不受影响。
