1、掩埋消毒法：选择地势高燥、地下水位较低的地块，挖一个深坑，坑的深度应在2米以上，大小视粪便的多少而定，要使掩埋后的粪便表面距地表50厘米为宜。消毒剂可选用漂白粉或新鲜生石灰。可采用混合消毒的办法，将消毒剂与受污染的粪便充分混合，倒入坑内；也可先在坑内撒入一层消毒剂，然后将受污染的粪便倒入，每倒入4-5厘米的粪便，撒一层消毒剂，粪便顶部再撒一层消毒剂，然后覆土掩埋，顶部堆成土堆儿。5-6个月后，这些粪便即可挖出充当肥料。
2、生物消毒法：在远离居住点和水源的地方，挖筑圆形或方形的消毒池，消毒池深度、宽度均为3米，长度视实际需要而定，池口最好盖上水泥盖板，只留一个倒粪口。将每天清除的粪便、垫草倒入池内，直至池满为止。堆积发酵13个月后，即可挖出作肥料使用。
3、焚烧消毒法：在发生气肿疽、梭菌感染等传染病时，要采用焚烧法进行严格消毒处理。
