在牛羊集约养殖过程中会产生许多污染物，其中排泄物是最主要的污染。此外，还有气味、药物残留以及畜产品加工的废弃物等。
常见污染
排泄物。每天牛羊都要消耗大量的饲草、饲料等，这样就会产生大量的粪尿排泄物。尤其是奶牛，排泄的污物更多。
气味。牛羊生产产生的气味，包括牛羊粪尿的臭味，饲料腐败变质的异味等。这些气味不仅危害动物健康，而且影响周边居民的生活和工作，是牛羊养殖中废物控制的重要问题。
其他污染源。1.生物污染。像鸟类、鼠类、猫狗、野生禽类等都可随意进出养殖场，携带致病病毒，并直接或间接将病毒进行再传播，造成疫情进一步传播。2.饲料污染。如果蛋白质饲料中的氨基酸水平不平衡，则不配套的氨基酸在体内降解后会排出体外。这不仅降低了对饲料蛋白质的利用率，还导致了氮对环境的污染。另外，谷物中不能被动物吸收的植物酸，绝大部分也随粪便排出体外，造成磷对环境的污染。3.饲料添加剂污染。微量元素添加剂也可加重环境污染，危害环境。而且，在促进牛羊生长发育、预控各种疾病的过程中，常在饲料中使用激素、抗生素等药物，如果滥用，将带来更严重的危害。
环境污染的控制措施
完善生产污染管理措施。地方养殖管理部门要制定切合实际的污染管理办法，在审批建场时，就要对相关制度和设施做好审核，并制定具体管理措施，落实到具体环节，加强对环境污染的监测和检查。
养殖规模根据具体情况有所差异，但是超过规模的扩建，无限度的增加养殖密度，反而会诱发疫害滋生，加重周边生态承受能力，最终降低养殖效益。因此，不同规模的牛羊养殖场，要明确应达到的污物处理能力和具备的处理设施，通过合理化的布局，减少养殖场污物对周边环境的污染。
推广生态养殖体系。牛羊生产中，排泄物是主要的污染源。针对污染源的污染，建议建立生态养殖体系。通过生态养殖体系的推广，降低排泄物对环境的污染，甚至可变废为宝，产出沼气，增加肥力。所谓倡导生态养殖体系，是遵循生态学原理，建立生态畜牧农场，实现废物的多级循环利用，达到有效处理和利用动物排泄物的目的。如将牛羊粪尿进行无害化处理、肥田，或是进行厌氧发酵生产沼气，不仅可以净化环境，而且能获得生物能源。
推广使用科学饲料配方。参照可消化氮氨酸含量理想蛋白质模型，合理平衡配比牛羊日粮，提升饲料的综合利用率，减少营养素的排出，从而减轻对环境的污染。
日粮配比使用过程中，需进一步完善添加剂的使用，明确规定可操作的检测流程，严格控制日粮中微量元素添加剂、抗生素添加剂等的使用，减少使用任何对人体健康直接或间接存在威胁的各种添加剂。此外，研发新型无害添加剂也是减少环境污染的可行途径。近些年，益生素添加剂、中草药添加剂等相继问世，取得了不错的使用效果。比较而言，益生素添加剂可有效改善动物消化道菌落，平衡肠道内有益微生物菌群，达到以菌治菌的目的，而且没有化学残留和抗药性，使用效果会好些。中草药添加剂同样具有低化学残留、无抗药性等特点，值得推广使用。
做好粪便存储和排放。粪便经清除后，必须要存放在粪池内，达到施肥前贮存的目的。贮粪池要求加盖加密，避免大量臭气外溢，产生苍蝇、臭味等污染周边环境。
牛羊舍与贮粪池应有一定距离（200米~300米）、贮粪池的底面和侧面要密封，以防渗漏污染地下水。贮粪池的容积，奶牛可按每天每454公斤体重0.04立方米计。加上牛舍作业污水，实际设计为每天0.06立方米左右。此外，要另加一部分容量，以收纳挤奶厅的污水。挤奶厅的污水量与所用的设备有关，如果用擦手纸和消毒剂擦洗乳房，则污水极少；如果用自动设备清洗乳房，则每头奶牛由此而产生的污水达41升左右，在新建或扩建牛场时，应优先考虑粪渣的处理。如果将排放水接入附近农地作肥料，必须根据牛场的规模，考虑所需农地面积，并尽可能扩大施肥范围。
要尽量减少废水排放。水在废弃物体积中占主要部分，牛场即使对贮奶间和挤奶厅正常清洗也需要大量的水。因此，应提高冲洗水的使用效率，减少用水量。除非必要，不应用水冲洗牛，且要减少无助于改善系统功能的水进入粪便中，雨水要与污水分离。减少干净水进入粪便处理系统，可有效降低废水排放。当然，也可以贮存雨水用做冲洗水。
现阶段，循环水再利用已成为减少处理设施和粪便负载比较受认可的方法之一。此外，还可将再循环水和新鲜水混合他用。
