消毒是综合防控措施中的重要一环，消毒的目的是消灭环境中的病原体，切断传播途径。阻止疫病的蔓延。
（1）正常情况下，饮水槽和料槽每周应消毒一次；圈舍、走道、牧工宿舍每月应消毒一次；产房每次产羔前都应全面消毒；新购羊只入舍、转群、出栏腾圈都应消毒。疫病流行时每天都应全面消毒。
（2）消毒的方法有物理消毒、生物消毒及化学药物消毒3种。物理消毒主要是用紫外线消毒，生物消毒是将粪便、污物堆积发酵处理，最常用的还是利用化学药物进行消毒。
（3）消毒时，应将羊舍、运动场等处粪尿污物清扫干净，再喷洒消毒液。消毒液可交替使用10%--20%的石灰乳、2%--5%的氢氧化钠、0.5%的过氧乙酸、3%的福尔马林等。
