发酵床养猪技术确实让用户得到了真正的实惠，但有少数猪场没有认真按照发酵床的技术规
范操作，致使应用效果打了折扣，其中的问题关键是没有重视猪舍通风。为了保证猪的健康成长，所有的猪舍都需要不断地通风，以移除猪舍内的热量、水分、灰尘、废气等，发酵床猪舍更不能例外，即使在寒冷的冬天，这一点也要做到，炎热的夏天，更要保证猪舍通风透气良好，这样才能保证发酵床运行更好，寿命更长。
发酵床的发酵是一个耗氧过程，如果猪舍内通风不良，微生物的活动就会受到抑制，分解粪便的能力下降，就会导致发酵床上大量的粪便蓄积，厌氧菌种的活动能力增强，氨气味道加重，猪舍内的二氧化碳的浓度增高等等不利的因素。猪舍通风不良会因猪舍内氧气减少、废气积存、湿度增加而严重影响猪的健康。
所以，发酵床猪舍一定要加强通风，要严格按照金宝贝干撒式发酵床的技术规范操作，猪舍在设计时要充分考虑利用自然通风（自然通风主要是依赖穿越猪舍的气流，也就是要有风的流动）。要根据猪场的地理位置和当地的气候特点，因地制宜地设计猪舍的通风系统。猪舍要建造在开阔的高处，远离任何挡风的障碍物；猪舍间的距离要较大，这样可以减少不同猪舍间的疾病的传播；猪舍的跨度不要超过15米；猪舍不仅要有门窗（尽量大），还要有天窗（有动力和无动力天窗间隔安装）、地窗，有条件的还可以安装引风机，在自然通风不能保证圈舍通风时，对猪舍进行强制通风。
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