通过科学消毒，切断传染病的传播途径，就可以预防和防止疾病的感染、发生、蔓延和流行，能够有效的提高养鸭场生产效益。
1、选择合适的消毒剂。结合自己鸭舍环境、消毒的目的、对象、疫病流行趋势及鸭病情况，依据高效、广谱、经济、副作用小的原则选择消毒药物，并注意严格按照消毒药物的使用说明调配消毒药物，提高消毒药的效力，达到消毒的目的。常规消毒用2-3%烧碱溶液、氯制剂、季铵盐类、碘制剂等喷雾消毒，高锰酸钾溶液、醛类熏蒸消毒，20%的石灰乳地面消毒。
2、设置消毒池。养鸭场大门前应设置消毒室和消毒池，对出入养鸭场的车辆和人员进行消毒。
3、环境消毒。鸭舍周围环境要保持清洁干净，经常用高压水枪冲洗，地面不能有污水、污物、粪污等。
4、空栏消毒。空栏期要对鸭舍、鸭舍周围、仓库、办公房、用具、设备等进行彻底清扫冲洗并消毒，养上一批鸭用过的衣服鞋子乃至被褥都要清洗消毒，做到不留死角。在进鸭前10天，鸭舍要用福尔马林加高锰酸钾密闭熏蒸24小时，然后打开门窗通风。鸭舍周围2米以内进行除草翻土，铺垫一层生石灰。
5、带鸭消毒。消毒前一天给鸭群饮用0.1%维生素C或水溶性多种维生素溶液，以减少应激。消毒时不是往鸭身上喷雾，而是从顶棚、墙壁到地面喷雾消毒，冬天用温水，夏天用凉水，要选择刺激性小、高效低毒的消毒剂，不用酸碱类。
6、饮水消毒。在饮水中按比例加入消毒剂(如百毒杀、强力消毒灵、次氯酸钠等)，每周一次即可，而对雏鸭一般用1‰高锰酸钾饮水（温水)即可。
7、鸭粪消毒。每月进行彻底消毒一次，清理运动场上的粪便，将鸭舍内的垫料清理出来，用干燥清洁的垫草代替，鸭粪可用堆积生物热发酵，并在粪堆表面喷消毒药液的方法消毒。
8、人员消毒。养鸭场工作人员在进入生产区之前，必须更换消毒过的工作服及胶鞋等，并在紫外线灯下消毒10分钟左右后，方可进入鸭场，严禁外来人员进入养鸭场内。
