牙鲆鱼育苗过程中，纤毛虫是常见的病害之一，特别在鱼苗着地变态时，危害甚大。如何做好变态期纤毛虫病的防治工作，对牙鲆鱼育苗的成败起着重要的作用。
1.病原体的来源：
（1）水源受到污染。用于育苗的储水池受到污染，用水前未经药物彻底消毒清池；另外二级沉淀池及暗沉池等长时间不清池消毒，使纤毛虫得以繁生，从而进入苗池内。（2）轮虫强化培养时处理不当致使纤毛虫大量繁殖。
2.纤毛虫对牙鲆鱼苗的危害：纤毛虫主要侵入到牙鲆鱼苗的鳃丝、鳍条、内脏等处，繁殖速度很快，直接造成鱼苗死亡。特别在着地变态期，鱼苗稍有点伤损皮破，很容易感染上纤毛虫。当纤毛虫繁殖到一定数量时，就会从一个寄主鱼体转移到另一个，最终连健壮的鱼苗也受其侵害，所以应对纤毛虫病的防治引起足够的重视。
3.纤毛虫病的防治：
（1）对水源进行消毒。一级储水池使用前需用50-100PPM漂白粉全池均匀泼洒消毒，几日后用新鲜海水冲刷干净；另外，对二级沉淀池、预温池应用盐酸或50PPM高锰酸钾定期消毒，视水质情况7-15天消毒一次。
（2）处理干净轮虫培养池。对有纤毛虫的轮虫培养池除通过例池等方法除掉纤毛虫外，在强化培养时需用150目的筛绢反复过滤几次，将纤毛虫彻底处理干净。
（3）带苗药浴处理。对已经感染纤毛虫病的鱼苗池，可用200-300PPM的甲醛液对鱼苗消毒20-30分钟，下药前排水4/5左右，投药时间到达时加水到原水位即可。一般连用3天，基本可除掉纤毛虫。停1-2天还可继续使用甲醛。
（4）及时捞出患病的死苗。感染纤毛虫的鱼苗多数体变浊白、死沉池底。应及时将这些死苗捞出去，防止死苗体内的纤毛虫再侵害其他鱼体。
